顺治十五年（1658），清军三路进兵西南，永历政权岌岌可危。在东南沿海积极抗清的郑成功见清军主力集中于西南，决定溯江而上，直捣南京。一方面缓解永历政权危局，另一方面也能扩大抗清战果。

　　经过一番谋划，顺治十六年（1659）五月，郑成功与监军张煌言等率领三千多艘战舰，十多万兵力，从吴淞口进入长江。据《小腆纪年附考》记载，六月初八日，郑成功大军进至镇江江面，泊舟焦山。十三日，郑成功在焦山祭天，军队旗盖、袍服皆用赤色，望之如火。十四日祭地，望祀山川、岳渎，用黑色，望之如墨。十五日，吉服祭明太祖，随后又身穿缟素衣服祭崇祯帝、隆武帝，望之如雪。三祭已毕，恸哭誓师，三军皆泣下。这样的场面，委实感人。

　　面对来势凶猛的郑成功大军，清军也加强了防御。据《明季南略》等书记载，镇江和瓜洲之间江面十里，清军用巨木筑成长坝，截断江流。坝宽三丈，以泥覆平，上可驰马，将其称为“木浮营”。“木浮营”左右木栅内设有火炮。清军用“围尺大索”牵接“木浮营”两端，耗费金钱逾百万。“木浮营”刚刚建成，就碰上潮水猛涨，坝被冲断。清军南京部院郎廷佐亲自祭江，然后再筑坝，终于筑成，“设兵严守”。蒋国柱、管效忠、高谦等协守镇江。

　　除了“木浮营”外，清军还在金山、焦山之间，用铁锁相连截断大江，名为“滚江龙”。要想攻占瓜洲和镇江，能否击破清军“木浮营”、“滚江龙”至关重要。

　　郑成功派遣海舟，外面蒙以白絮，内载乌泥，扬帆而上。清军见了，炮矢俱发，有如轰雷，可闻三百里。海舟一直在“木浮营”附近逡巡，一来是诱使清军发炮，使其损失炮弹；二来海舟之内藏有水兵，海舟靠近“木浮营”，水兵便会跳入江中，沉入水底，去砍“滚江龙”。不多久， “滚江龙”被凿断，而此时清军“木浮营”上所置的炮矢几乎没有了。

　　此役郑成功大军亦损失惨重。监军张煌言亲领海舟，参与了此战。他在《北征录》中记道：“两岸炮声如雷，弹如雨，诸艘或折樯，或裂帆，水军之伤矢石者，且骨飞而肉舞也。余叱舟人鼓棹，逆入金山，共总数百艘，得入者仅十七舟，而本辖则十三。”

　　次日，右武卫统领周全斌率士兵浮渡登上长江北岸，虽身中五箭，仍奋勇直前。清军大溃，瓜洲遂被攻下。据《爝火录》记载，郑成功以刘猷守瓜州，“余皆渡江趋镇江”。

　　清军镇江守将告急于南京。洪承畴麾下一位姓罗的将军，领着铁骑千人，赴镇江驰援。清军“被甲如雪”，罗将军言称“海贼不足杀也”。驻守常州、无锡、江阴等地的清军也纷纷发兵支援，清军“骄躁，急欲与战”。郑成功所部海舟与清军打起了“游击战”，在江面上“忽上忽下”。清军驻南，他们就泊北；清军驻北，他们就泊南。清军在长江南岸追逐三日，甚是疲惫。

　　据《明季南略》记载，此时恰逢酷暑，又遭遇大雨，雨过复热，热气熏蒸，清军身披盔甲，难以忍受。就连战马奔走两昼夜，也都张口喘息。城内有百姓将饭菜、炒米等送至江边，由于太渴，清兵竟无法下咽。有的清兵整整两天，都没有吃什么食物。如此一来，清兵战斗力可想而知。

　　郑成功决定登岸展开反攻。他将麾下士卒分为五队，分别是五色旗、蜈蚣旗、狼烟、铳、大刀。每队都有两人负责滚被。什么是滚被呢？就是身披二寸厚的棉被，如果清军箭射来，就用棉被挡箭，箭过后，卷起棉被，一拥而上，持刀猛砍清军马足。另一人在旁敲鼓，鼓声缓则行兵缓，鼓声急则行兵急。

　　由于登岸的士卒皆是步兵，清军颇有轻敌之意。原来，以骑兵对战步卒，清军颇有经验。他们遇上步卒，通常是勒马退数丈，然后加鞭冲向前去，这样一来，步卒自相践踏，溃不成军，清军往往轻易便能大获全胜。可令清军没想到的是，郑成功麾下步卒登岸后，却是“严阵屹然不动，围牌自蔽，望之如堵”。清军“三却三进”，而“郑阵如山”，清军“长技尽矣”。清军欲要“却马再冲”，只见对方阵后黑烟冉冉升起，步卒疾走如飞，冲上前来。步卒三人一伍，一人手执盾牌，挡住另外两人。另两人一人负责砍马，另一人负责砍人，“其锋甚锐”。清军虽死伤甚众，但却不敢退却。因为提督管效忠立于阵前，谁敢退却，即被斩首。

　　双方大战良久，步卒阵中白旗一挥，步卒即两边散开，似要退避。有的伏在地上，似乎是逃走不及的模样。清军见状，“驰马突前”，不料海舟之内突发大炮，清军千余人被击中丧命。清军大败，退守银山。

　　银山上，管效忠远远地对着郑成功喊道：“从来止有马上皇帝，岂有水中皇帝乎！上来决战！”其实，此时的郑成功考虑到银山特殊的战略位置，已在思考攻山之策。二十二日，他以海舟载兵二千，结营于阳蓬山之菜园。据《海上见闻录》记载，双方“只隔一港，满兵惊”。

　　当夜，郑成功令陈魁带领一支“铁人军”逼近清军营栅。所谓“铁人军”，指的是这支军队身披铁甲。清军守将见了，很是害怕，不敢出战。用箭射去，箭不能入。“铁人军”冒死进军，清军营栅很快就被攻破。到了天明，清军复来反攻，郑成功令发大炮，“多鼓钧声，江水腾沸，廊瓦皆震”，清军虽奋力死战，但已难挽回败局。将近中午的时候，清军大败，啑血填壕。管效忠带领一百四十名残兵，逃奔南京。他哀叹道：“吾自满洲入中国十七战，未有此死战也。”

　　郑成功麾下有位叫杨英的将官，参与了这场银山之役。他在《从征实录》一书中记道：“大发伙兵搜山，杀其马步亦不知其数，生捉马匹、骆驼并盔甲、弓箭、鸟铳、行营炮等器械亦不计数。自辰鏖战至未时收军，查点我师，只是被箭重伤，被炮打死数名而已。是亦一大胜也。”

　　清军失守银山，外城已失，镇江孤城难守。眼见大势已去，驻守镇江的清军守将高谦、知府戴可进，献城投降。