早在澳门即将回归的动议之前，葡萄牙政府在与中国政府的谈判中提出，多年来葡方在澳门没有驻军，中方也不能驻军。当时中方一位谈判人员认同葡方这一意见。马万祺获悉这一消息后，立即向新华社澳门分社(即现中央人民政府驻澳门联络办公室)负责人表达强烈意见，请即向中央反映。

　　他提出，澳门驻军对维护国家的主权、统一、领土完整和人民的安全有着重大的意义，对巩固和维护澳门社会秩序十分必要。当中央接到马万祺对澳门必须驻军的意见后，经过一段时间详细研究，新华社澳门分社便转知马万祺，中央同意其意见，一定在澳门驻军，请放心。事后证明，中央驻军澳门的决策与马万祺的看法是相同的。

　　后来马万祺在接受采访时深有感触地说，澳门回归前，治安状况很不好，社会上常有打打杀杀、绑架的事情发生，很多有钱人不敢在澳门逗留，有条件的家庭纷纷把子女送到国外读书。澳门回归以后，治安好了很多，驻澳部队起了威慑作用。

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