京口旗营内有个将军巷，自然也少不了有将军衙门。而将军衙门中的主角当然是清军八旗中的将军担任。近有文章中说，依清制，镇江旗兵最高长官为副都统，官至正二品，属江宁将军管辖。这一说法似乎不那么准确，只反映了清乾隆以后京口八旗的驻防情况，并不能代表整个清朝京口旗营驻防兵力的实际状况、尤其是京口旗营驻防兵力最盛的清初阶段。当时江苏仅有南京、镇江二地设有旗营，镇江旗兵的最高长官为挂将军印的都统级。

　　据《京口八旗志》记载：在顺治十二年（1655），清廷曾经因为应对海警的需要，命令都统石廷柱挂镇海大将军印，统率八旗之中的汉旗官兵驻防京口演武场左右一带（今江大北固校区一带），都统居三山书院（在北固山）。清军初期以满族骑兵为主力，后来又增加了蒙古兵与汉兵。清朝统一中国后，正式规定了清军的八旗制度。八旗即正红、正黄、正蓝、正白及镶红、镶黄、镶蓝、镶白八个旗，旗是军政合一组织。每个旗又分满旗、蒙旗和汉旗，其中以满人为核心。镇江驻军以八旗中的汉旗兵为主。到了顺治十六年（1659），清廷又下令“命都统刘之源挂镇海大将军印，统八旗官兵共甲二千副，并左右二路水师驻扎镇江，镇守沿江沿海地方。城内圈西南隅文昌、儒林、黄佑、怀德等坊居民房屋，分派八旗屯驻。”当时的旗营驻防情况是：“镇海将军一员、副都统二员、协领八员、参领八员、防御四十员，额设兵三千名”。而驻防兵在城内营地的范围是： “城内西南文昌、儒林、黄佑、怀德等坊由南而北，纵五百五十六步有八，由西而东横三百三十三步有二，其方围计四里有三百四十步零”大致在今大市口、健康路街道的双井路、弥陀寺巷，健康路社区一带。

　　到了康熙十三年（1674），清廷又下令安南将军石华善统领八旗官兵2000名驻防京口，雍正四年（1726）驻防官兵达至3804名。一直到乾隆二十八年（1763）乾隆皇帝下旨裁汰汉军，由江宁驻防八旗蒙古兵内拨六七甲兵一千六百九十二名驻防京口，以掌印副都统领之，此后镇江才一直由蒙古八旗的二甲兵驻防，他们的最高长官为副都统。所以说将军巷的将军衙门主角是明确的，它的主角就是镇海将军和安南将军。

　　或许是维护将军衙门的尊严，过去将军巷内还有石牌坊，是花岗岩石的柱子，非常粗壮。大约上世纪六十年代时，将军巷的石牌坊已不完整，但巨大的柱石还在。后来这些柱石被连根拔起，最初被移到了京口六朝的城墙根下，即今古城公园的山脚下。不知何时，这些柱石又不翼而飞，被谁移走了。