明崇祯十七年（1644年），中国历史再次上演令人伤心惨目的一幕——农民义军攻破北京城，崇祯皇帝吊死煤山。这一年是甲申年，这一事件被称为“甲申之变”。随后，吴三桂引清军入关，大明王朝彻底分崩离析。南京作为明朝的留都，万历皇帝的孙子福王朱由崧在此被拥立为帝，改元弘光，拉开了南明政权的序幕。

　　大清的铁蹄滚滚南下，可南明政权从成立之初开始，就陷入了无休无止的门阀争斗。特别是有拥立之功的阉党马士英，任用奸党，排除异己。弘光帝登基仅仅三天后的五月十八日，首辅大臣史可法被排挤出朝廷，督师淮扬。

　　此时江北的形势很是复杂。南明朝廷在此设有四镇，也就是四大军事防区，由高杰、黄得功等人镇守。这原本是为了加强江北的防御力量，形成江南的军事屏障，可四镇不仅飞扬跋扈，而且彼此间为了争夺地盘，剑拔弩张，渐有尾大不掉之势。更加不可思议的是，他们竟然动起心思，想到南方地盘来分一杯羹。据《小腆纪年附考》记载，弘光帝为此任抚臣郑瑄镇守京口，随郑瑄同守京口的还有游击吴志葵，以防江北诸镇士卒渡江。

　　史可法督师淮扬时，为了取得四镇官兵的信任，将自己的随征将官于永绶、刘肇基等人，以及他们的家眷、亲丁，全部留在隔江的京口，自己只以“川兵三百自随”。四镇已成割据之势，史可法一介书生岂能控制住局面。史可法督师之后，四镇表面虽稍安，但实际上仍是一盘散沙。

　　江北局势稍定，一江之隔的镇江，却又闹出一场不小的风波。当时镇江驻扎了很多军队。包括史可法随征将官于永绶等率领的马兵千人，浙江都司贾之奎所领暂时驻扎于此的步兵三四千人，此外还有京口营兵以及各路散兵，这些军队分别驻扎在西门外以及教场等地。这么多军队驻扎于此，“士民不甚相安”。

　　时任常镇道的张太羹担心这样下去会出大事，于是写信给驻于苏州的苏松巡抚祁彪佳，催促他速来京口，以免生变。史可法也给祁彪佳送去书信，托他好生看护于永绶等自己的随征将官。祁彪佳在给史可法复函的同时，于六月十三日向镇江发出一纸“禁约”，禁止士卒滋事。谁知二十六日，镇江就出了大事。

　　《明季南略》一书对此事记载尤详。据该书记载，这些驻守在镇江的士卒，“平日与市铺交易，未免争较锱铢，遂各怀嫌忿”。这天，于永绶麾下马兵要以很低的价格购买西瓜，卖瓜的小童不肯，双方相持不让。那马兵一怒之下，竟然殴伤了小童。这事激起民愤，众人一起殴打那马兵，打完将他捆了起来，扔进长江。

　　众马兵气愤不过，他们四处打探，得知将马兵扔进江里的那帮人中，竟然浙江步兵居多。众马兵一呼百应，骑着马便向步兵驻地而去。半路上，恰巧遇见浙营守备李大开，众马兵对着李大开大声呵斥。李大开大怒，拔出弓箭，便向马兵射去，结果射中数人。这下可捅了马蜂窝了，马兵中有人大喊：“浙营兵将皆欺我！”大家“群起攻杀”，并拔箭射向李大开。结果李大开被箭射中，“伤重即毙”。

　　眼见事态闹大了，浙兵纷纷躲入民居。马兵竟以此为借口，到民户家大肆淫掠，焚西门外民居数十里。有马兵说：“四镇以杀抢封伯，吾辈何惮不为！”意思是说，江北四镇将官烧杀抢掠都能封伯，我们这么干有什么担心害怕的呢！原本只是一件小小的买瓜纠纷，至此酿成大乱。据《明史·祁彪佳传》记载，此乱共致四百人丧生。

　　二十九日晚，祁彪佳接到常镇道张太羹遣人送至的急报。祁彪佳在所撰《甲乙日历》中对此也有较为详细的记载。根据张太羹的急报，浙江都司贾之奎与马兵力战，也受了箭伤。事发之后，张太羹将城门关闭，“闭城以守”。第二天，马兵统领将官于永绶等人打算乘船至江北仪真，镇江设防将官唐禾、张宿等人前去追击，于永绶已是渡江而去，只是夺回辎重及妇女。

　　祁彪佳随即起程，赶往京口处理此事。七月初六赶至京口后，他率领诸将至玉山查看。只见西关民居被焚掠，居民哀号载道。祁彪佳停下马来，发银抚慰。此后，又对镇江驻军进行了驻地安排，如贾之奎兵安插于甘露寺，李大开的兵安插于银山，还有的兵卒安插于金鸡岭等地。当晚，祁彪佳宿于京口驿。

　　马兵首领于永绶等人已渡江北归。祁彪佳于是致函史可法，请他察首恶，斩于永绶，传首受害地方。史可法拒绝了祁彪佳提出的要求。此事发生之后，很多受难百姓都将责任归咎于常镇道张太羹，认为他处置不力。初八日，张太羹“以病辞归江阴”。

　　“甲申之变”后，京口诸生结为忠孝、干城、大正三社，各自准备弓矢、器械，“以为守御之计”。这次马兵之乱发生后，诸生守城出力尤多。祁彪佳至京口时，诸生亦沿途列阵，以示欢迎。祁彪佳对他们的义举给予嘉奖。马兵之乱后，京口全城戒严，每夜都要“列械燃灯”。祁彪佳认为这样太劳费财力，取消了这一规定。 

　　此事处理结束后，祁彪佳并没有立即返回苏州，而是在镇江呆了一个多月时间。其中最重要的事情，便是安抚江北四镇。马兵之乱发生后，镇江禁止江中渡船，江北感到很不方便。祁彪佳于是给四镇将官写信，商定通航事宜。最终江南、江北“各立官渡，给以旗号，以通往来”，仍严禁私渡。通过这件事，四镇之一、驻守瓜洲的高杰对祁彪佳颇有好感。祁彪佳遂趁热打铁，和高杰订期，约定过江会晤。岂料到了约定日期，江上狂风大作，高杰猜想祁彪佳一介文弱书生，必不会涉风渡江。没曾想祁彪佳带着数名老仆小吏，渡江而来。高杰深为叹服，双方把酒言欢。

　　驻镇期间，祁彪佳还就镇江的战备情况，加强谋划。镇江一时间局势安定，百姓大悦。八月二十日，祁彪佳动身返回苏州。镇江百姓得知后，“人情甚为皇皇”，甚至有百姓连夜乘船，跟着祁彪佳迁徙至苏州。由此可见，祁彪佳也算是弘光朝中难得一见、受百姓爱戴的好官。