郭副司令员是个爽快人，更不愿这样闷坐着，干脆宣布散会：“司令员很快就回来，让他决定吧!各军长回去后，先做好行动前的准备工作。”
陈赓一返回后司驻地斗门姚，就打电话给郭副司令员，表示这个仗不能打!不同意去湖南，建议迂回广东，要他正式向林彪提出意见。林彪不是那么好说话的，他回电说不同意更改计划。
没办法，陈赓只好电告军委。陈赓的主要理由是：
此次侧击行动，构不成对敌人的包围。我部人马逾万，稍行动作，极易被敌发觉。而白崇禧一旦发觉，即会火速退回两广，于下仗极为不利；而且又时值盛暑，北方兵多，水土不服，非战斗减员甚多。为此陈赓建议，充分利用我兵团有利态势，继续向南推进，搞大迂回，占广州，堵截敌人向广东之逃路。当然，陈赓也同时表示，部队正在待命，准备随时执行四野的作战计划。
电报主送毛泽东、中央军委并报林彪及刘伯承、邓小平。刘、邓此时是二野的司令员、政委，陈赓原归他们领导。
林彪很快回电：我决心已下，不能更改，立即执行。
电报主送刘、邓、陈赓，并转毛泽东。
但是毛泽东的电报也于7月17日接踵而至。毛泽东支持了陈赓，否定了林彪这种“赶鸭子”的战术。毛泽东在电文中说：白崇禧本钱小，极机灵，非万不得已决不和我作战，因此，对白作战，应采取远距离包围迂回方法，以掌握主动。
回电也同时发给林彪和刘伯承、邓小平。林彪又将毛泽东的回电批转给陈赓。
因为毛泽东还指出：四兵团与十五兵团(两个军)由陈赓指挥，经赣州进军广东。四兵团为深入广西寻歼白崇禧之南路军，由广州向广西南部前进……
陈赓7月20日由斗门姚经南昌到樟树镇，接毛泽东的电令后24日即去南昌，同十五兵团邓华司令员会晤，商讨有关并肩入粤作战问题。陈赓曾顺便问过邓华：“你们对那个打法(指林彪的那个‘赶鸭子’战术)怎么看？”
邓华说：“现在我们的部队实际上不能作战，非战斗减员特别多，每天几千人几千人的生病，拉肚子、打摆子、发高烧比比皆是。”
“你们为什么不报告呢?”
“林总这个人，你还不了解，他决定了的事情，别人提意见他听吗?报告也没用。”
陈赓没再说什么，他虽然在作战方针上同林彪有争论，但在公开场合，总是讲我们在四野首长领导下如何如何，他认为这样对大局、对团结有利，所以当时知道这场争论的人很少。
再次与林彪发生分歧
如果以上算是陈赓与林彪发生的第一次作战分歧，那么第二次分歧则是攻打广州。
10月1日，中华人民共和国成立。人民解放军以摧枯拉朽般威势震慑着敌人。中旬，广州守敌有弃城南逃迹象。
这个时候，林彪却接连几次发来给陈赓并报中央军委的电报：令四兵团后尾主力原地停止待命，先头追敌部队如未抓住敌人，并无把握吃掉敌人时也都现地停止，准备由曲江、英德地区直向西平行入桂，以达成协同四野于湘桂地区解决桂白(崇禧)问题。
毛泽东代表中央军委于10月10日23时复电给四野并告陈赓：完全同意你们建议，陈赓兵团即由韶关、英德之线直插桂林、柳州，断敌后路，协同主力聚歼白匪。
接连收到这些电报，陈赓根据这次大迂回的作战方针和当前情况，经过反复考虑，认为林彪关于把白崇禧集团歼灭在湘桂边境，不使其退入广西老巢的想法是对的。但在这时命令第四兵团转往桂林、柳州地区堵击白祟禧集团的主意，是欠妥当的。因为，四兵团各部正沿粤汉铁路兼程追赶逃敌，以每日130里以上行程前进，广州指日可下。这时为了执行断敌后路的任务，四兵团如向桂林、柳州前进，直线距离有1300里，以时间计算不如就近调派四野所属部队迅速；四兵团则不如直下三水，打下广州后不停留地由水路运输，经梧州直取南宁。
问题是，这次中央军委和毛泽东同意了林彪的意见。
一个在前线的战役指挥员，自己有了与上级及中央军委不相一致的想法，如果向上提出，会不会干扰统帅部的决心?为此陈赓忐忑不安。他熟悉党的一个优良传统，就是上级对下级下达重要决定时，通常要征求下级组织的意见，并且要保证下级组织能够正常行使他们的职权。下级组织如果认为上级组织的决定不符合本地区、本部门的实际情况，可以请求改变，但上级组织的最后决定，下级组织必须执行。
这次开始收到林彪发来的电报，陈赓感到此事需要磋商，因此林彪和中央军委的有关电报没有下达给各部队。陈赓首先召集兵团党委委员们开会讨论，他的意见得到兵团其他领导的一致支持；又经与其他有关负责同志磋商，他就根据反复考虑的那些意见，亲自起稿，于10月10日3时发给致林彪并报中央军委的电报。电报后半部说：“四兵团如立刻向桂林、柳州前进，实际上仍需集结队伍、重新动员的时间。则一方面路远赶不上，另一方面广州不能获得迅速解放，有两头失准备的顾虑。……也许这是偏重局部的看法，你们从全局打算认为必要，命令一到，我们坚决执行！如何请复。”
毛泽东接到陈赓的电报，认为陈赓的意见符合战场实际，也为陈赓越来越精于军事谋略而高兴。于是，毛泽东立即于10月12日3时起草了致林彪的电报，接受陈赓的意见，决定四兵团仍照原定任务行动。
10月13日，陈赓即电各军督令部队继续向广州疾进。
毛泽东在10月12日曾经指示：“如查明广州一带之敌向广西逃窜时，陈赓兵团即不停留地跟踪入桂。”
根据这一指示精神，陈赓得知左路军进入广州市区，守敌已向西南方向逃跑时，即决定右路军所有部队一律不进广州，不停留地追击逃敌。
