最后，叶剑英对李作鹏一伙人进行了尖锐的批评，并严厉地警告他们：

李作鹏利用×××的老资格，在海军工作时间长，把他推到前台，自己在后边摇鹅毛扇子。意见好像是群众提出来的，这不能怪群众，因为领导上有人在引导。中央军委密切注意着你们会议的发展，认为很危险。危险的不是萧、苏，危险的是引导会议把萧、苏搞成黑帮分子的同志。你们的会议已到黄河边了！中央如果不管，对党的事业不利，后果是不堪设想的。

7月中旬，李作鹏从庐山疗养回京，在大量事实和各方面的压力面前，也不得不承认“搞了非组织活动”，表示“要承担责任，接受教训”。在后一段会议中，李作鹏等人情绪很低，他们怕把事情弄大，惊动毛泽东，便在私下威胁知情人：“事情牵涉林副主席，讲不得。”8月13日，林彪出面维护李作鹏：“李（作鹏）等是高举毛泽东思想红旗的，突出政治的，反对罗瑞卿有功的。”这样，李作鹏才得以脱身。

8月25日，历时3个多月的海军“三三”会议不得不又草草结束。

在“三三”会议结束前，还有一段插曲。8月18日，毛泽东在天安门广场接见红卫兵，萧劲光、苏振华及李作鹏等海军领导都上了观礼台。接见临近尾声时，毛泽东把这几人叫到身边，一一握手，简单地问了海军的情况，而后严肃地对李作鹏等人说：“萧劲光是个老同志，苏振华是个好同志，你们老整他们干什么？”说着拉过萧劲光，两人照了一张合影。

毛泽东这一特意为之的举动，深深印在了李作鹏等人的脑子里。事后，李作鹏无奈地说：“凡是毛主席握过手、照过相的人，就是要保的人。”从此，他们打击、排挤萧劲光的行径才不得不逐渐收敛。

“根据林彪的意思，‘新党委’对萧劲光采取了‘一批、二臭、三保’做法”

海军“三三”会议后，随着社会上“四大”（大鸣、大放、大字报、大辩论）高潮的到来，海军机关也开始陷入内乱中。一些曾经遭受李作鹏等人无情打击的干部，以李作鹏等人为运动目标，着力揭发批判他们在海军“三二”、“三三”会议期间的夺权活动。因为其中有相当部分机关干部，又比较知根知底，揭发的内容越来越深，甚至有人提出要开李作鹏等人的控诉会，要给他们“戴高帽”游街，这使李作鹏等人大为恐慌。1967年1月6日，李作鹏匆忙给代总参谋长杨成武写信：为遏制形势的发展，建议将林彪在1966年8月13日对李作鹏等人的评价公布。

1967年1月8日，杨成武约萧劲光、苏振华和李作鹏在军委办公室谈话，具体讲了对李作鹏信的处理问题：毛主席、周总理同意李作鹏同志建议，“请萧劲光同志出面传达一下”。

事关己身，李作鹏雷厉风行。1月9日一大早，李作鹏就让秘书给萧劲光送来了他亲笔起草的传达提纲和“说明”。“说明”是这样写的：“萧司令：我上午有外事活动，下午又有会议，因此替你讲话写了一个短提纲（我认为不需要讲得更多）。能不能用，请你考虑。”“提纲”是以萧劲光名义起草的，的确文字不长，主要是对林彪“高度评价”的说明，但时髦的词句，诸如坚定的左派、无产阶级司令部的人、反对他们就是反对毛主席，等等，全有。

已经有40多年党龄的萧劲光，握着这样一个“提纲”啼笑皆非：一个党委第一书记，传达“副统帅”对第三书记（此前，林彪亲自指定李作鹏为海军党委第三书记）的评价，这本已是非常时期的奇事，而且还要由被评价人代传达人起草讲话稿，更是奇上加奇。若非亲历其事，实在令人难以相信。

1月9日晚22点，遵照军委指示，由萧劲光公布林彪对李作鹏等“高度评价”的会议，在军委西苑旅社礼堂召开。参加人员为海军直属机关、部队行政十七级以上干部。会议时间很短，但效果显著。第二天，海直机关立即铺天盖地地贴满了坚决支持李作鹏等“革命左派”的大标语、大字报。

不出萧劲光所料，李作鹏得势不饶人。1月16日，李作鹏首先指挥揪斗了海军政治委员苏振华，名曰“摧毁海军苏记黑司令部”，将苏振华、刘道生、杜义德及各大部门的主要负责人都隔离审查。1月18日，海军召开党委会议，给苏振华强加了“彭（德怀）、罗（瑞卿）反党集团漏网分子”等罪名，决定撤销他的党委第二书记职务，并决定改组海军党委。会议明确决定，由李作鹏主持海军党委常委工作。为与“贯彻执行资产阶级军事路线”的原海军党委区别开，李作鹏主持的党委称“新党委”。