事态的发展果不出陆平所预料，通话后不久，王晏清即被国民党南京卫戍区司令部扣押。45军军长陈沛立刻找来97师副师长喻天鉴，命令道：“你们师长王晏清上面发现他有通共嫌疑，现已被扣押，你要掌握好部队，决不能出差错！”值得庆幸的是，几个小时后，南京卫戍区总司令张耀明又亲自把王晏清放了回去，因为王毕竟身居要职，身份特殊，又是蒋家父子眼中的“红人”，仅凭一个电话，张耀明还不敢轻易定他的罪状。

王晏清回到江宁镇师部后，也非常后悔自己的冒失行为，感到了事态的严重性，必须提前举行起义，否则后果不堪设想。他立即密召几位心腹部下开了个小会，决定以执行军事任务为借口把部队拉到江北，再公开宣布起义。会后，王晏清发布了全师当晚“过江游击”的命令。第289团团长杨镇洲和第290团团长黄子安接到命令后，率两团官兵准时渡过长江，到达江北岸。但事情坏在第291团身上，291团团长王义鸾刚上任时间不长，一听要晚上到江北执行军务，顿时有些手忙脚乱，不知所措。王团长想给师部打个电话再请示一下，可电话怎么也要不过去（此时王晏清已率师直和289、290团开始行动，师部电话已中断）。于是，他只好把电话直接打到了军部。直到这时，45军军部才知道王晏清果真要“反”，慌忙急电请示张耀明。张也顿时醒悟过来，原来王晏清真的“通匪”，自己释放王等于“纵虎归山”！

张耀明后悔不迭，为了不牵连自己，他没敢连夜向蒋介石报告，而是赶忙下令印刷厂连夜印刷了几万份传单，上面写明王晏清投共，官兵返回原防的均有重赏，割回王人头的特赏银元5万，等等。第二天天色刚蒙蒙亮，飞机就飞到长江北岸跟踪侦察，沿途散发传单。290团团长黄子安本不是王晏清的心腹，事前也没有参与起义的策划，完全被蒙在鼓里。黄看到传单后便率部南返，走在前面的289团看到290团往回开，也跟着返了回去。289团团长杨镇洲知道事情有变，但因为仓促间举行起义，没有和部队基层力量发生关系，所以不敢下令阻止，只得脱离部队，只身一人同王晏清及几个参与起义密谋的有关人员带着师部警卫排向北急进，投奔到了解放区。

王晏清将军和97师的起义，虽然由于事前准备不够充分，加之没有很好地在基层官兵中做好工作等原因，最终没有取得完全的成功，但这个事件无疑像一次强烈的地震，给蒋家王朝的反动统治带来了巨大冲击，引起了最高统治阶层内部极大的震动和恐慌，更加重了蒋家王朝失败的阴影。