1959年7月29日，中央对西藏工委有关收兑藏币的报告作了批复，基本同意西藏工委的建议，对藏币与人民币的比价、收兑期限、筹备和调运物资应付市场需要以及加强宣传等问题都作了批示，强调“收兑藏币的时间，愈快愈有利”。中央还对应注意的事项作出具体指示：第一，对于收兑期限，“全区不必统一，可根据不同地区，规定不同的期限。原则上是收净西藏境内的现有藏币，并且不让流出国外的藏币重新流入国内。具体收兑期限大体上可以分为边境区、中心区和藏北牧区三种。边境区期限可以短些，中心区可稍长些，藏北牧区可再长些（如一个月不够，还可适当延长）”。第二，对于假藏币问题，中央特别指示：“不分阶层，一律不能收兑。但如果有群众持少量假藏币来兑换时，可以不究办，仍不能收兑。” 中央同时强调要筹备和调运物资应付市场需要，并控制人民币的投放量，中央指示：在当前物资缺乏的情况下，为了发行人民币和收兑藏币，一方面要积极筹备物资，加紧调运，应付市场供应的需要，在这次查封的粮食中，可以拿出一部分用来支持人民币。另一方面，在这个时期要严格控制财政开支，控制货币投放，对机关、部队向市场投放的人民币，要压缩到最低限度。【参见《1958-1965年中华人民共和国经济档案资料选编》（金融卷），第674-675页；《西藏工作文献选编》，第237-238页】

1959 年8月10日，西藏自治区筹备委员会发出由代理主任委员班禅额尔德尼·确吉坚赞，副主任委员张国华、帕巴拉·格列朗杰、阿沛·阿旺晋美共同签署的《宣告“藏币”作废的布告》。布告指出：为了保护人民利益，稳定市场金融物价，活跃城乡经济，决定以人民币限期收兑藏币。布告规定：藏币为非法货币，自即日起宣布作废，禁止使用。自1959年8月10日起，由各级地方政府和军事管制委员会以人民币限期收兑藏币，具体收兑时间由各地区自行规定。禁止任何人采取任何方式携带和私运藏币出入国境。有关收兑藏币的比价及兑换手续等办法，西藏自治区筹备委员会交由中国人民银行西藏分行规定公布。【参见多杰才旦、江村罗布主编：《西藏经济简史》，第449页】西藏自治区筹委会的布告公布后，中国人民银行西藏分行公布了兑换范围和价格，其中规定：1元人民币收兑藏钞50两，7角人民币兑换藏银币1枚，1元人民币兑换藏铜币大的40个、小的200个。西藏人民银行调拨一批人民币，西藏各地开始有组织地收兑藏币，较大城镇用10天左右，各县用20天左右。1959年10月，已收兑藏币纸币5250万两，银币664967枚，大小铜钱4041万枚。到1960年底，西藏各地共收兑藏币约1亿两，合人民币285万元。【参见《解放西藏史》，第445页。按1958年中国人民银行出售外汇牌价折算，银元（袁头）与人民币的兑换牌价是1块银元换人民币1元5角，1卢比换0.522人民币；在当时西藏市场上，1块银元换3卢比，换15两藏银。参见肖怀远编著《西藏地方货币史》，第67页】

西藏币制改革引发中印之间一场持久的交涉，成为西藏平叛后中印外交斗争的一个主要内容。印度政府就藏钞收兑问题以及西藏改革后的藏印贸易问题，从1959年8月25日到1960年11月17日，先后发来三个照会和两个备忘录，同中国政府进行交涉（备忘录是1959年8月25日、9月17日，三次照会是1959年10月26日、1960年4月25日、11月17日）。这些备忘录和照会反映了西藏币制改革以后中印围绕藏印贸易和相关经济问题所展开的交涉和斗争。

首先，有关习惯贸易问题，印度方面指责中方的行为违反1954年协议。尼赫鲁1959年8月25日在印度联邦院谈到印藏贸易时强调：当前的主要困难之一就是“支付和货币”的问题，“我们的许多商人不用中国货币就不能进行交易，处置货物时也存在困难”。不过尼赫鲁也承认，1954年的中印协定并未特别提及卢比是否作为贸易的法定货币，只是规定继续按传统惯例进行。但8月26日他在人民院回答议员询问时却说，中国宣布卢比和藏钞为非法的命令，是“违背1954年协定精神的”【Prime Minister on SinoIndian Relations, Part 1: In Parliament (New Delhi: External Publicity Division, External of External Affairs, Goverment of India, 1961), p.60; New Delhi, August 25, Prime Minister on SinoIndian Relations, Part 1, pp.76-77.】。因此，印度在同中国的交涉中声称：印商在西藏可以用印度卢比、藏币、中国银元作为支付手段，这主要是依据1954年协定的第七条第一、第四两款；现在中国停止外币在西藏地区流通，显然违反1954年协议。

对于印度方面的指责，中国的态度明确而强硬。中国外交部在1959年9月10日致印度驻华使馆的照会中指出，西藏币制改革“在主权范围内采取处理本国货币的行政措施完全是中国的内政……现在中国西藏地方已经实行了货币改革，如同中国其他地方一样，一律使用人民币，并且规定了藏币兑换人民币的合理办法，这样虽然旧的不合时宜的习惯改变了，但是新的更合理的习惯已经建立起来了。外国侨民就应该不迟疑地服从这个新法令和新的习惯。中国政府看不出中国西藏地方的币制改革对中国西藏地方和印度之间的贸易会有任何不利，相反，中国西藏地方进行币制改革，无论从当前或长远看，只会有助于中国西藏地方同印度之间正常贸易的进行”。中国外交部亚洲司何英副司长在1959年9月17日接见印度驻华使馆参赞康南皮利时强调：西藏进行币制改革，是基于内部的实际需要，是有利于当地的经济的发展和贸易发展的。因此，“从长远看，币制改革统一货币倒是有利于中国西藏地方和印度之间的正常的贸易关系，也是有利于印度商人在藏的正常贸易的，并没有违反西藏地方和印度之间的贸易习惯”【中国外交部致印度驻华使馆的照会（1959年9月10日），中国外交部档案，档案号105－00433－04（01）；何英副司长接见印度驻华使馆参赞康南皮利的谈话（1959年9月17日），中国外交部档案，档案号105－00433－02（1）】。