1950年5月，包尔汉到北京参加全国政协第二次会议，住进了中央民委招待所。周恩来得知包尔汉已经到北京，立即请朱德、林伯渠、乌兰夫等人和他一起到招待所看望包尔汉，令包尔汉十分感动。周恩来、朱德等见到包尔汉，就像见到老朋友一样，和他倾心交谈。谈话中，包尔汉向周恩来汇报了自己20世纪30年代以来追求进步、探求真理的经过。周恩来听后十分真诚地对包尔汉说：“你过去的历史，中央是了解的。过去你同苏联的关系，是进步的。现在解放了，你已经加入了中国共产党，今后要在中国共产党的领导下努力把工作做好。”周恩来还高度评价包尔汉在新疆人民革命斗争中，在新疆和平解放中所做出的贡献，勉励他今后继续为新疆的和平建设、为各民族的团结多做工作。

　　周恩来的话给了包尔汉极大鼓励。从此之后，他更加努力按照共产党员的标准严格要求自己，认真学习马列主义、毛泽东思想和党的路线、方针、政策，更加积极地参加民主改革、社会主义改造和建设，为建设民主、文明、团结、富强的新疆而努力奋斗。

　　包尔汉入党后，主要是从事领导新疆地方政府的工作。他在平时的工作和生活中，十分尊重党委领导，在王震担任中共中央新疆分局第一书记时是这样，在王恩茂接替王震担任中共中央新疆分局第一书记和以后担任中共新疆维吾尔自治区委员会第一书记时还是这样。他十分注重党的团结，遵守民主集中制原则，维护集体领导，坚持贯彻党的路线、方针、政策和党委的决定。

　　上世纪50年代初期，包尔汉担任全国政协副主席职务。由于工作需要，1955年2月新疆维吾尔自治区成立后，中共中央决定由赛福鼎担任自治区人民政府主席，调包尔汉进北京工作。在此之前，周恩来和时任国家民委主任的杨静仁一起和包尔汉谈话。周恩来说：“我国的国际威望正在日渐提高，我们同伊斯兰教国家的友好关系正在日益发展。为了做好这方面的工作，需要调一个人到北京来。中央考虑认为你比较合适。你来北京住是否更好些？不知道你的意见如何？有什么困难？”包尔汉立即回答说：“我是共产党员，坚决服从党组织的决定。党把我安排在哪里，我就在哪里工作。”周恩来听了连声说道：“你的态度好，态度好，态度好！”于是，包尔汉辞别了朋友，离开新疆到北京工作和生活。

　　包尔汉一直到晚年，仍然对自己年轻时代即信仰马列主义，信仰共产主义，加入中国共产党感到欣慰。1989年2月，他在辞世前写下的《给孩子们的话》中说：“自从1912年我从国外返回祖国，至今已近80年了。在这80年的时间内，我经历了两种完全不同的社会，经历了无数的人生坎坷。为了寻求真理和正义，在很长的一段时间内，我曾在黑暗中探索，终于找到了马克思主义和共产主义，确立了我终生为之奋斗的生活信念。正是这种信念，支持我度过了无数艰难困苦。”

　　“任何国家、任何人妄图把新疆从祖国怀抱中分裂出去的阴谋都是可耻的、徒劳的”

　　包尔汉既是杰出的政治家、社会活动家，也是有着渊博学识的领导干部。他少年时代即刻苦读书，掌握了丰富的历史文化知识。青年时代，他长期在欧洲求学，对新疆和西亚的历史也颇有研究，因此，对维吾尔族是中华民族大家庭中的一员，新疆自古就是中国不可分割的领土的一部分，有着深刻的认识。1952年，包尔汉针对学术界和社会上流传的一些错误观点，发表了《论阿古柏政权》等论文，对新疆的历史和维吾尔族历史进行了科学论证。论文发表后，毛泽东给予了充分肯定。包尔汉的这些论文，从严密的历史科学角度，对搞民族分裂的人进行严肃批判。

　　1979年，包尔汉在《民族研究》第一期上发表了《关于新疆历史的若干问题》一文。这篇文章用大量历史事实和文献资料，证明新疆自古以来就是中国领土的一部分，驳斥了歪曲新疆历史的种种谬论。包尔汉还针对有些曲解“新疆”一词，鼓吹“东土耳其斯坦”的谬论，严正指出：“新疆在以往的史籍中被称为‘西域’，远在两千年前，它就已成为中国版图的一部分。从那时起，它的命运便和全中国的命运紧密地结合在一起了。所谓‘东土耳其斯坦’，则是19世纪随着世界列强在中亚地区实行殖民主义侵略活动而出现的名称。当时西方殖民主义者把中亚细亚以及新疆地区，统称之为‘土耳其斯坦’，并以泽拉夫善河为分界，以西的地区称之为‘西土耳其斯坦’，以东的地区称之为‘东土耳其斯坦’。这种名称完全是以语言和地理概念为出发点的，包含着明显的侵略意图。有人把当年西方殖民主义者为侵略目的而使用的地理名称说成是‘维吾尔人的祖国名称’，这显然是对维吾尔族人民的侮辱。”“两千多年来，新疆与祖国的历史关系，既不是一般的朝贡与封赐的关系，也不是一般的暂时的藩属关系，而是表现为长期不间断的国家行政权力在这一地区的直接行使。”包尔汉在文章中说：多年以来,有的国家运用他们所掌握的一切宣传工具,对中国共产党的民族政策特别是民族区域自治政策,进行了最无耻的攻击和诽谤。在这一诽谤活动中,不顾事实地歪曲新疆历史是重要的一环。包尔汉这篇文章对于人们正确理解新疆历史和维吾尔族历史，起了重大作用。