在此情况下，当时担任新疆省政府主席的包尔汉态度鲜明、立场坚定，明确表示：决不允许搞分裂。当时，国民党新疆警备总司令陶峙岳和包尔汉立场一致。他们决心走和平起义道路。但是，要把和平起义变成现实，面临着重重困难：一是在驻新疆的国民党军队中，有少数顽固分子反对和平起义，誓死效忠蒋介石；二是新疆少数民族分裂分子到处散布谣言，蛊惑人心；三是陶峙岳手下的一大批人对起义后的去向和生计如何，心中无底，因此犹豫动摇。在此情况下，中国共产党采取了积极争取新疆国民党驻军和国民党新疆地方政府和平起义的方针。

　　1949年7月25日，毛泽东向正在苏联进行秘密访问的刘少奇通报情况的同时，指示代表团的政治秘书邓力群尽快赶到新疆伊犁，在那里建立和北平的无线电台联系。邓力群很快带3名报务员和一部电台，于9月15日取道莫斯科，秘密进入新疆，建立了与毛泽东、正在率部进军新疆的彭德怀及中共驻苏机构的电讯联系。邓力群在新疆做好三区革命领导人的工作时了解到，新疆省政府主席包尔汉坚决主张和平起义，他立即将此情况报告中央。中央令邓力群即刻到迪化（今乌鲁木齐）做和平起义工作，并将张治中给陶峙岳、包尔汉的电报发到邓力群电台。邓力群带此电报稿，从伊犁到迪化，当天就见到了包尔汉，将张治中的电报交给包尔汉。

　　包尔汉见到中共中央代表，十分高兴，他即安排邓力群住进自己家里。第二天他就将张治中的电报交给陶峙岳，并且和陶峙岳达成和平起义的一致意见。

　　包尔汉不仅自己非常明确地表示，要坚决实行和平起义，维护祖国统一和民族团结，而且以自己新疆省政府主席的身份，对驻新疆的国民党部队、新疆上层分子、新疆各少数民族首脑人物做了大量工作。他当时已经56岁，仍不顾自己年高体弱，四处奔走游说，做那些动摇不定者的工作，有时还将一些重要人物请到自己家中，彻夜长谈，争取他们对和平起义的支持。包尔汉很快就与国民党在新疆的军事领导人、新疆各少数民族头面人物、国民党新疆地方政府上层人物达成了维护祖国统一、反对分裂的一致意见。

　　在争取和平起义的工作做得差不多时，包尔汉于9月19日通过邓力群电台致电毛泽东，全文如下：

　　毛主席：

　　解放军胜利完成人民解放伟大事业，谨致无上之欣祝。经决意与国民党反动政府脱离关系。兹已准备一切力量消灭反动势力，接受领导，俾每一角落，共庆新生，以完成贵党所领导的整个中国之解放。特电敬布衷忱，敬礼钧鉴。

　　尔汉申皓叩

　　毛泽东收到包尔汉的电报后，十分重视，也十分高兴，在与中央其他领导人商议后，即于四天之后，回电包尔汉。这封回电也是通过邓力群电台转到包尔汉手上的，全文如下：

　　包主席：

　　申皓电悉，极感盛意。新疆局面的转变及各族人民的团结，有赖于贵主席鼎力促成。尚望联络各方爱国民主分子，配合人民解放军入新疆之行动，为解放全新疆奋斗。特此布履，敬颂勋祺。

　　毛泽东　申梗

　　接到毛泽东的电报，包尔汉内心非常激动，他终于能在中共中央直接领导下工作了，劲头也更足了。他按照毛泽东的指示精神，在进一步做好新疆和平起义工作的基础上，于1949年9月25日与邓力群一起，促成陶峙岳通电和平起义。紧接着，包尔汉于26日即率新疆地方政府通电起义，新疆宣告和平解放。

　　加入中国共产党

　　新疆和平解放之后，包尔汉受到中共中央的充分信任，仍然请他担任新疆政府主席，并且多次邀请他代表新疆地方政府到北京参加全国性重要会议，参与对全国重大事务的讨论。包尔汉在与中国共产党领导人和许多党员的接触中，更加坚信，中国共产党是中国工人阶级的先锋队，是为中国人民求解放、谋幸福的政党，是为了维护和发展中国各族人民的利益而奋斗的政党，是为中国绝大多数人服务的政党。他在新中国刚刚建立时，就萌生了加入中国共产党的意愿，但当时中共中央新疆分局还没有成立，他加入中国共产党的客观组织条件还不成熟。新疆和平解放后不久，中共中央建立了中共中央新疆分局，党在新疆有了领导组织。这时，包尔汉向党组织提出了加入中国共产党的请求。

　　毛泽东、周恩来、刘少奇、朱德等对此非常欢迎也十分关心。1949年12月31日，经王震、徐立清介绍，包尔汉加入中国共产党，中央立即委任他担任中共中央新疆分局委员、常委。