抗战期间，陈独秀辗转来到四川江津。1942年，包惠僧不忘旧情，特地从陪都重庆前往探望贫病交加中的陈独秀，还在经济上给予一些周济。

　　1944年起，包惠僧任内政部户政司司长，1947年改任内政部人口局长。

　　1948年底，国民党在战场上形势急转直下，中共解放战争已取得了决定性胜利，蒋介石政权处于风雨飘摇之中，国统区一片混乱。包惠僧见势不妙，便带着家眷逃到澳门，栖身于远离澳门市中心的僻静小楼，静观大陆时局的变化。

　　1949年10月1日。包惠僧从收音机里听到中央人民政府成立的消息，心里为之一振：中共终于胜利了！现在，台北他不想去，北京又不敢去，从大陆带来的钱已所剩不多，坐吃山空，整天要为柴米油盐操心，长此以往，总有一天要山穷水尽、走投无路而流落街头。他整日左思右想，想给自己寻找一条出路。他想到了周恩来。抗战时，周恩来在重庆，有一次周恩来去内政部拜会部长，出来时在大门口正好碰到包惠僧，周向包表示了欢迎他归来的意思。现在，他很想回到当年的中共朋友中去，但不知中共方面对他态度如何？何不打个电话给周恩来，既表示祝贺，又可借以投石问路。于是，他字斟句酌，给周恩来发了封电报，时间是1949年10月上旬。电报全文如下：

　　北京人民政府周总理恩来兄鉴：兄等以廿馀年之艰苦奋斗得有今日，良堪佩慰，尚望以胜利争取和平，以和平与民更始，吊民伐罪，天下归仁也。南天引颈，曷胜钦迟，一有便船，当来晤教。弟包惠僧叩。

　　周恩来接到包惠僧的电报，知其有回归之意，当即复电，欢迎他回来。

　　包惠僧于1949年11月率全家回到北京。回到北京第二天，董必武就请他吃饭。董必武告诉包惠僧：“你回来是党中央作出的决定。”

　　董必武免不了埋怨包惠僧几句：“你那时做了国民党的官，就不要共产党的朋友了！”

　　包惠僧胆小，当年做了国民党的官，生怕特务耳目众多，不敢再与共产党老朋友来往。想到此，包惠僧甚觉惭愧。其实，包惠僧和董必武私交笃厚。包惠僧本叫包晦生，跟董必武初识之后，董必武给他写信，写成了“包惠僧”。后来，他干脆就改用“包惠僧”了。由此亦可见，包惠僧对董必武是何等尊敬！

　　1949年12月25日，政务院总理周恩来在百忙中请包惠僧到中南海他的家中吃饭。见面后，周恩来还是以老朋友相待包惠僧。那天，周恩来跟包惠僧作了长谈，最后周对包说：“你过去不是一个普通的共产党员，你对党要有个交代。”

　　在周恩来的安排下，1950年初，包惠僧进入华北革命大学政治研究院学习，于同年12月初毕业后即被分配到内务部研究室任研究员。

　　1952年8月20日，内务部部长谢觉哉任命包惠僧为内务部参事。

　　1957年4月29日，国务院总理周恩来任命包惠僧为国务院参事。

　　根据周恩来的指示，有关部门给包惠僧安排了舒适幽静的住处，在生活上给予优厚待遇。