1965年11月下旬，彭真返京。在听取《红旗》杂志的汇报后，他指示：中央报刊是否发表批判吴晗的文章，还要再考虑一下再说。他要北京市委书记处讨论转载的问题，并说吴晗性质不属于敌我矛盾，对姚文元文章错误的地方也要批判。北京市委书记处研究认为：不同意姚文元文章的第四部分“《海瑞罢官》要人们学习什么东西？”从政治上的批判；如必须转载这篇文章，则加上编者按以表明自己的态度。

　　11月29日，《北京日报》转载了姚文元的文章，根据彭真28日的指示写的按语，强调“有不同意见应该展开讨论”，“实事求是地弄清是非。”30日《人民日报》转载，根据周恩来、彭真意见写成并修改的按语说：“我们希望，通过这次辩论，能够进一步发展各种意见之间的相互争论和相互批评。我们的方针是：既容许批评的自由，也容许反批评的自由；对于错误的意见，我们也采取说理的方法，实事求是，以理服人。”《人民日报》并将姚文元的文章放在第5版“学术讨论”专栏，以此表示了不同于姚文元文章的态度。

　　12月21日，毛泽东在杭州同陈伯达、艾思奇、关锋谈话说：“姚文元的文章也很好，点了名，对戏剧界、历史界、哲学界震动很大，但是没有打中要害。要害问题是‘罢官’。嘉靖皇帝罢了海瑞的官，1959年我们罢了彭德怀的官。彭德怀也是海瑞。”此言一出，要害由“退田”变为“罢官”，政治批判的分量更加增强。这场以文艺问题为突破口，以1958年“大跃进”以来包括庐山会议、七千人大会、西楼会议和四清运动中的分歧问题为内容的批判，使得人们感觉到了斗争的严重性和尖锐性。但是人们普遍意识不到，一场史无前例的“文化大革命”的序幕开始了。制定《五一六通知》在转载姚文元的文章等问题上所遇到的来自中宣部、北京市委及彭真等人的强大阻力，使毛泽东更加坚定了他对中央可能出修正主义和发生反革命政变的估计。他开始避开党中央其他领导人，依靠康生、江青等人帮助他开展这场“文化大革命”。1966年3月下旬，根据毛泽东的指示，康生指定王力起草1个撤销《二月提纲》的通知，根据王力的回忆，他所拟的通知只有一句话，即“中共中央通知：一九六六年二月十二日中央批转的《文化革命小组关于当前学术讨论的汇报提纲》现予以撤销。”这个通知政治局讨论同意。《通知》急送毛泽东，他不满意，说道：“《通知》不应是技术性的，而应是理论性的。”并要党内“理论家”陈伯达另行起草通知。据陈伯达回忆，他领会毛泽东的意思，也就是要他从理论的高度批判《二月提纲》，即要他做一篇大文章。于是他和王力合作，很快在4月初写出了初稿。初稿送毛泽东，他阅后决定成立1个小组来起草通知，并点名陈伯达为组长。4月16—26日，毛泽东在杭州召集中央政治局常委扩大会议，这次会议实质上是为发动“文革”做准备。毛泽东建议，起草小组到上海工作，于是起草小组成员纷纷前往上海，聚集在上海锦江饭店后楼，名义上是为中央会议准备材料，实际上是在那里讨论、修改《通知》。据有关资料讲，起草小组写完一稿，即由张春桥派人急送杭州。毛泽东看完后加一些话，派人即送张春桥，由他转起草小组。起草小组根据毛泽东的指示又进行讨论、修改，再由张春桥派人送毛泽东，毛泽东又加一些话退张春桥……如此上海——杭州穿梭，足见毛泽东对《通知》的重视。当起草小组举行最后一次会议时，会开到一半，毛泽东还要徐业夫打电话到上海，又加进了一些话。云密风紧，中国的政治气氛日益紧张。“五一”节，天安门城楼上不见了往年必上天安门的彭真。如此费力、秘密制定出来的《通知》，应该发挥作用了。1966年5月4~26日，中共中央政治局扩大会议在北京召开，毛泽东仍在外地，刘少奇主持会议，由康生负责向毛泽东汇报。这次会议的主要内容是以反党集团的罪名对彭真、罗瑞卿、陆定一、杨尚昆进行批判。按照毛泽东的意见，决定停止、撤销彭真等4人在中央书记处、北京市委、中宣部的职务。会议还决定撤销原来的以彭真为组长的文化革命小组，重新设立文化革命小组，隶属于中央政治局常委之下。这一决定由毛泽东亲笔写在《通知》中。5月16日，会议在很不正常的气氛下，没经过认真讨论就通过了陈伯达主持起草的《通知》，后称《五一六通知》。《五一六通知》不愧是一篇理论性的大文章，它罗列了《二月提纲》的十大罪状，逐条加以批驳。《通知》说《提纲》掩盖了这场学术批判的政治性质，是1个为资产阶级复辟做舆论准备的修正主义纲领。毛泽东在文件中亲笔加了许多尖锐激烈的话。他要求全党：“高举无产阶级文化革命的大旗，彻底揭露那批反党反社会主义的所谓‘学术权威’的资产阶级反动立场，彻底批判学术界、教育界、新闻界、文艺界、出版界的资产阶级反动思想，夺取在这些文化领域中的领导权。而要做到这一点，必须同时批判混进党里、政府里、军队里和文化领域的各界里的资产阶级代表人物，有些则要调动他们的职务。尤其不能信用这些人去做领导文化革命的工作。”这个《通知》还根据党、政、军里都混进了资产阶级代表人物的估计，发出了将要出现资产阶级复辟的危险信号，提出：“混进党里、政府里、军队里和各种文化界的资产阶级代表人物，是一批反革命的修正主义分子，一旦时机成熟，他们就会要夺取政权，由无产阶级专政变为资产阶级专政。这些人物，有些已被我们识破了，有些则还没有被识破，有些正在受到我们信用，被培养为我们的接班人，例如赫鲁晓夫那样的人物，他们现在正睡在我们的身旁，各级党委必须充分注意这一点。”这个《通知》集中反映了毛泽东对当时党和国家政治形势的严重估计，以上所引的一些尖锐字句都是他亲笔加写上去的。作为1个无产阶级党的领袖，毛泽东极为关心他参与缔造的党和社会主义新中国的命运，高度警惕资本主义复辟的危险，并努力探索解决这个问题的途径，这不能不说是十分可贵和富有远见的。而毛泽东为消除党和政府中的腐败现象和脱离群众的倾向所做的坚持不懈的斗争，也一直赢得了党和群众的拥护和支持。但是，他把社会主义时期的阶级斗争扩大化、绝对化，直至混淆敌我，认友为敌，他在人民掌握政权的情况下还要用天下大乱达到天下大治的方法，既违反了马克思主义，又不符合中国实际，是完全错误的。《五一六通知》实际上是发动无产阶级文化大革命的纲领和宣言，十年“文革”就是从《五一六通知》通过之日算起。这一天已被人们公认为“文革”正式开始的第一天。“炮打司令部”的大字报墨绿色专列风驰电掣般地跨过长江，穿越黄河，在华北大平原上急速飞奔。这是毛泽东主席的专列。毛泽东1965年11月去南方巡视，已经接连在上海、杭州、韶山滴水洞、武昌停留了8个月，差不多是新中国成立后他离开北京外出时间最长的一次。1966年7月16日，他以73岁高龄在武汉畅游长江，然后启程返回。7月18日晚，他回到中南海丰泽园。得知毛泽东已经回来，刘少奇立即赶去丰泽园，想向他汇报一下工作。可门卫通报后传话说“主席要休息”。刘少奇只得回家，等明天再说。从第二天起，毛泽东陆续听取各方面汇报，阅读材料，了解北京和全国的情况。刘少奇除了向毛泽东汇报，还是继续主持例行的中共中央政治局常委扩大会议，研究处理文化革命问题和各项日常工作。但是，围绕工作组的争论却越来越大了。社会上，小部分学生要赶走工作组，大部分学生要维护工作组，各不相让。常委扩大会上，陈伯达3次提出取消工作组，同样遭到大多数同志的反对。刘少奇、邓小平支持多数同志的意见。在7月22日的常委扩大会上，刘少奇还说：“多数工作组是好的，还是教育帮助，改正错误。赶工作组，有的不应该赶。”邓小平也说：“要教会工作组做工作，有的学校没有工作组恐怕不行。”陈伯达的意见被否决。然而，刘少奇、邓小平尽管代表了大多数同志的意见，但他们采取的一系列稳定局势的措施，却同毛泽东的“天下大乱，达到天下大治”的设想大相径庭。毛泽东终于表态了。7月24、25日，他连续两次召集中共中央政治局常委、“中央文革”小组负责人和正在北京开会的各大区中央局书记谈话，明确地表示了他的意见。他说：“有这么一段，运动冷冷清清，就是6月20号左右以后，有许多地方搞得冷冷清清；工作组一不会斗二不会改，只会起阻碍运动的作用；许多工作组，包括张承先的工作组，都是阻碍运动的，都要把它撤出来。对毛泽东的表态，“中央文革”小组以最快的速度作出反应。7月25、26日两个晚上，“中央文革”小组全体出动来到北京大学，参加在东操场举行的两次万人大会。陈伯达、康生、江青在大会上竭尽挑拨煽动之能事，声称“毛主席1个工作组也没有派”，宣布撤销张承先为首的北大工作组，“搬掉这个障碍物”。27日，他们又到北京师范大学，主持召开揭批工作组大会，当场宣布罢免北师大工作组组长孙友余的职务、撤销工作组。康生在大会上还公开放出“彭真策划二月兵变”的奇闻，借以蛊惑群众。形势急转直下。消息像旋风般传遍北京大中学校，产生了极大的轰动效应。反工作组立即成为合法而又时髦的行动。学生们再度躁动起来，在学校内外掀起阵阵狂潮。工作组是肯定留不住了。7月26日，根据毛泽东的意见，中共中央政治局常委扩大会议决定撤销工作组，28日由中共北京市委正式下达文件。7月29日上午10时许，人民大会堂中央大礼堂座无虚席。上万名师生挤满了整个3层大厅。这是根据中共中央指示召开的北京市大专院校、中等学校文化革命积极分子大会。大会由中共北京市委第一书记李雪峰主持。他首先宣读了关于撤销工作组的决定，接着宣布由总书记邓小平代表中共中央讲话。邓小平讲完后，由周恩来讲话。周恩来、邓小平在讲话中，都对派工作组承担了责任。邓小平说：以新市委名义向各大中学校派出工作组，是根据中央的意见办的，工作组有好的、比较好的和犯有严重错误的三种情况。周恩来传达了毛泽东提出的文化大革命要完成“一斗二批三改”三大任务的指示。他们不约而同地用“老革命遇到新问题”这句话来表达自己跟不上形势的心情。接下来，是刘少奇讲话。刘少奇讲话结束后，毛泽东从后台走出来，接见全体师生代表。当上万名满怀热情的青年看到毛泽东出现在他们面前的时候，激动的心情难以形容。扩音器里响起《大海航行靠舵手》的雄壮乐曲。“毛主席万岁！万万岁！”的欢呼声响成一片。工作组撤销了，可毛泽东对运动情况仍不满意。他认为前一段运动走了弯路，刚刚兴起的文化大革命被压了下去，为了排除阻力，必须再做一次发动。8月1日，毛泽东主持召开中共八届十一中全会。全体大会的会场设在人民大会堂东大厅。出席这次会议的，有中共中央委员和候补委员141人，各中央局、各省市自治区党委和中央有关部门的负责人按惯例列席会议。与往常不同的是，“中央文革”小组成员、首都高等学校“革命师生代表”聂元梓等也列席了会议。