叶挺回到军部，项英责备道：“希夷，你怎么这样不冷静，冤杀高敬亭，上蒋介石的当了。你看，他高兴得要向你发奖章了。”此时，叶挺才得知中共中央有教育挽救高敬亭的指示，感到自己太鲁莽了，但为时已晚。

　　高敬亭事件后，一度趋于好转的叶、项关系又出现阴云。项英认为叶挺太单纯，好冲动，容易上当，新四军的大事还是自己掌舵，于是又大权独揽。叶挺也感到放不开手脚，又生去意。两人的关系再度跌入低谷。

　　针对着日军是一支高度现代化军队的状况，叶挺提倡加强我军的正规化建设，克服游击习气，以提高战斗力。但项英对叶挺这个主张不以为然，担心叶挺反游击习气，会把我军应该永远保持的“优良传统”也一起反掉了。叶挺认为这完全是糊涂观念，因而非常生气。叶挺年初去江北，离开项英，相对独立地执行党中央交给的任务，干得比较顺心，解决了江北部队的东进问题。但当他回到云岭汇报工作时，项英却表示并不完全满意。

　　1939年8月，叶挺再赴重庆，就全军经费和新四军江北部队扩充后的编制问题向蒋介石进行交涉。叶挺这次出行，内心还有一个想法，那就是再次要求辞职，离开项英。辞职的原因：在外部是由于国民党五中全会以后执行防共、溶共、限共、反共政策，不断地制造进攻、限制新四军的摩擦事件，国共关系愈来愈紧张，他在两党两军间调解的作用愈来愈小；在内部则是他和项英的关系。高敬亭事件后，项英对叶挺的不信任加剧，使他觉得当这个军长，实际上徒有虚名。

　　10月初，叶挺经桂林飞赴重庆。11月，叶挺应召去见蒋介石，提出辞呈。以前叶挺要求辞职，蒋介石都是讳莫如深，但这次却一反常态，爽快地答应了，还假惺惺地向他征询新的军长人选。叶挺说最好是叶剑英。蒋介石很不高兴，但也没说什么。叶挺辞职后，蒋介石借机大作文章。他召见八路军驻西安办事处主任林伯渠，扬言要另派新人当新四军军长。毛泽东得知叶挺辞职后，当即致电周恩来，指示他立即找叶挺做工作，彻底解决新四军的领导问题，要叶挺主动收回辞呈，打消蒋介石重新委派军长的企图。

　　1940年5月，从苏联疗伤刚刚归来的周恩来和叶剑英一起，找到了已返渝的叶挺。周恩来向叶挺指出了蒋介石的险恶用心：利用叶挺要求离职这个机会，另派一个所谓“能够完成他的希望”的人担任新四军军长，借以达到既可从政治上打击共产党，又可为以后进攻新四军作准备的罪恶目的。他们希望叶挺能从他的去职会给新四军和抗战前途带来什么后果和影响去考虑问题，不计个人处境困难和委屈，与新四军同呼吸共命运，坚持抗战到底。叶挺听后很感动，爽快地答应了。

　　征得中央同意后，周恩来致电项英，要他派一名高级干部来重庆接叶挺，并与南方局讨论彻底解决叶挺在新四军的实际地位和实际职权的问题。对这个电报，项英比较重视，立即指定政治部主任袁国平执行这个任务，并立即启程赶往重庆。袁国平抵渝后，周恩来对他作了大量的工作，指出：党中央从组建新四军开始，便要求项英处理好与叶挺的工作关系。但项英做得很不好，以致弄得叶挺感到呆不下去了，再三要求辞职。党中央要求项英必须立即改正对待叶挺的错误态度，尊重他的军事首长的地位和职权，避免再发生叶挺出走的事。周恩来还告诉袁国平，如果项英以后继续坚持不改，可以在团级以上干部的范围内，批评他的“左”倾右倾错误。右倾就是害怕国民党，不敢斗争；“左”倾就是排外，关门主义，不团结叶挺。但周恩来这个指示在实际中很难贯彻。项英是中共中央政治局委员、东南局书记，袁国平一个政治部主任怎么能随便批评一个党的高级领导人？