周恩来紧握叶挺的手，内疚地说：“我代表毛泽东同志向你赔礼道歉。项英给你的工作带来诸多不便，真对不起你。”针对叶挺想去八路军的想法，周恩来明确指出，华中战略地位非常重要，而且经两党商定的新四军军长职务，不好随意变动。同时告诉叶挺，经过他的建议，党中央同意新四军委员会改由叶挺任正职，项英为副职。军事工作多交叶挺办理，项英实际为政委。并在全军再次进行教育，确立叶挺的军长权力。对项英在新四军发展方针和内部团结方面所犯错误，党中央很重视，正在设法纠正。鉴于项英在六中全会上对王明右倾投降主义错误态度暧昧，中央对他在会后能否在新四军中贯彻执行会议精神很是担心，故授权周恩来在适当的时候到皖南去一趟，就新四军贯彻六中全会的决议和解决叶、项矛盾等问题，给予指导和推动。

　　1939年2月，周恩来来到皖南云岭新四军军部。为了保证党的六届六中全会确定的战略方针在新四军中真正得到贯彻，他在军部进行了许多重要活动。由于项英对于党中央早在1938年5月便已决定的新四军向东向北发展的战略方针，始终抱着将信将疑、既执行又打折扣的错误态度，而是总想实施他自己的向南发展的想法，因此周恩来此行还负有重申党中央的正确战略方针，纠正项英在这方面错误的重要责任。为调解叶、项关系，周恩来向新四军领导人传达了中共中央关于叶挺工作安排的重要意义，就由来已久的叶、项关系问题批评了项英。周恩来专门指出:“中央认为叶挺作为党外人士是暂时的，这对国共合作更为有利，如果不是考虑这一点，他的党籍问题很容易解决的。”周恩来要求项英主动地采取团结叶挺的具体行动，并严肃指出：团结叶挺是新四军内部团结的关键所在，这是一件大事，如果处理不好，就要犯错误。

　　对于周恩来这些富于原则性与情感的耐心劝导、批评，项英表示愿意接受。他在周恩来主持的军部领导人会议上，作了洋洋万言的自我批评，主动提出将军事指挥权、军事干部的安排权交给叶挺。

　　高敬亭事件后，党中央极力挽留已提出辞职的叶挺

　　正当叶、项关系开始缓和时，高敬亭事件发生了。

　　高敬亭是原鄂豫皖红二十八军军长。红二十五军长征后， 他临危受命，独立领导红军游击队千余人在湖北与河南、安徽边境坚持了极为艰苦的3年游击战争，发展壮大了队伍。新四军组建时，红二十八军改编为第四支队，高敬亭任司令员。高敬亭对敌斗争坚决，作战指挥上有自己的一套，但在长期的游击战争环境下，养成了谨慎从事和顾虑多疑的性格。新四军实施东进政策之后，高敬亭一直舍不得离开大别山，担心东进后被国民党军队吃掉。

　　叶挺对此很生气：“高敬亭目无中央，蔑视军部，骚扰友军，太不像话了。”叶挺在新四军委员会上提出，自己准备亲往江北解决四支队的问题，如果高敬亭仍然抗命不从，将以军法制裁。项英不同意叶挺的意见，他提醒叶挺说:“高敬亭是位功臣，只是抗日后思想僵化，跟不上形势，执行中央指示不坚决。你要以教育为主，好言相劝，讲清楚去皖东作战的战略意义。如果他万一不听劝，可以给予适当处分。但是，如何处分一定要报请毛泽东批准，不能擅自作主。”

　　叶挺来到庐江县东汤池，主持成立了新四军江北指挥部，限四支队7天之内开赴皖东指定地区。见军长发火了，高敬亭不得不有所行动。翌日，高敬亭带着四支队七团、九团和手枪团开拔。两天后，叶挺接到高敬亭急报，说四支队发生了七团团长杨克志、政委曹玉富率团投奔桂军李品仙的事变。叶挺立刻飞马赶往出事地点，与邓子恢主持四支队连以上干部大会。高敬亭因病缺席。本来会议的主题是进行反杨、曹斗争，但很快大家就联系到了高敬亭的责任问题。对于高敬亭许多人很有意见，只不过平日不敢说，现在见叶挺军长来了，纷纷揭发他。叶挺疾恶如仇，但做事欠思考，容易为表象所迷惑。他对高敬亭的“罪行”深信不疑，同时致电延安毛泽东和重庆蒋介石，要求严惩高敬亭。蒋介石接到电报后立即批转叶挺：“所请将高敬亭处以极刑照准。”叶挺收到蒋介石的批复后，在没有得到延安毛泽东回电的情况下，仓促地将高敬亭处决。