第一次调查结果：1885年9月22日冲绳县令（后称知事）西村捨三根据日本内务省命令所做调查称：“有关调查散在本县与清国福州之间的无人岛事宜，依先前在京本县大书记官森所接受秘令从事调查，概略如附件。久米赤岛（即赤尾屿）、久场岛（即黄尾屿）及鱼钓岛（即钓鱼岛，因日语语法是动词在宾语之后，故钓鱼岛被篡改成“鱼钓岛”——笔者注）为古来本县所称之地方名，将此等接近本县所辖之久米、宫古、八重山等群岛之无人岛隶属冲绳县下一事，不敢有何异议，但该岛与前时呈报之大东岛（位于本县和小笠原岛之间）地势不同，恐无疑系与《中山传信录》记载之钓鱼台、黄尾屿、赤尾屿等属同一岛屿。若属同一地方，则显然不仅也已为清国册封原中山王使船所悉，且各附以名称，作为琉球航海之目标。故是否与此番大东岛一样，调查时即立标仍有所疑虑。”以上记载至少说明，日本冲绳地方政府当时已经确认，这些岛屿是可能同中国发生领土争议的地区，并担心占领行为会刺激中国。
然而，内务卿山县有朋仍不甘心，要求再做调查，以利建立日本的“国标”。其主要的理由是，这些岛屿“并未发现清国所属痕迹”（目前日本仍沿用这一错误主张作为占有钓鱼岛的借口）。不过，再度调查结果反使日方不敢轻举妄动了。因为当时日本的这些动向已引起中国报界的警惕。据1885年9月6日（清光绪十一年七月二十八日）《申报》“台岛警信”指出：“台湾东北边之海岛，近有日本人悬日旗于其上，大有占据之势”，其意在提醒清政府注意日本的动向。做贼必心虚。日本明治政府一面为占据钓鱼岛而加紧进行秘密登岛调查，另一面通过中国报纸报道等密切关注中方反应。
第二次调查结果：1885年10月21日，日本外务卿井上馨致内务卿山县有朋的信中称：“该等岛屿亦接近清国国境。与先前完成踏查之大东岛相比，发现其面积较小，尤其是清国亦附有岛名，且近日清国报章等，刊载我政府拟占据台湾附近清国所属岛屿等之传闻，对我国抱有猜疑，且屡促清政府之注意。此刻若有公然建立国标等举措，必遭清国疑忌，故当前宜仅限于实地调查及详细报告其港湾形状、有无可待日后开发之土地物产等，而建国标及着手开发等，可待他日见机而作。”这次调查进一步确认了台湾附属岛屿钓鱼岛是“清国所属”。正是在这种背景下，井上馨外务卿特意叮嘱山县有朋内务卿，不宜将日方秘密调查公诸报端，而要暗中进行，以免引起中方反对。
值得注意的是，这次调查报告中记载的“港湾”很可能是中国先民开发钓鱼岛和清朝统治的遗迹。据当时登岛调查的大城水保在1885年呈冲绳县厅的报告称，该岛“海岸边有广阔的码头及船只碇宿所”。这也佐证了中国人早在日本人登岛调查前已对钓鱼岛进行过开发。
第三次调查结果：1885年11月24日，冲绳县令西村捨三禀报内务卿奉命调查之结果并请示：“如前呈文所报，在管下无人岛建设国标一事，未必与清国完全无关，万一发生纠纷，如何处置好，请速予指示。”1886年西村捨三在他撰著的《南岛纪事外篇》一书中指出，“其他绝海远洋二三百里间，有一片岛影，于航海中被认定是支那地方”，这指的即是钓鱼岛列岛，而在该书中附有的冲绳地图中则没有钓鱼岛。由此看来，当时西村捨三对内务大臣山县有朋急于窃取钓鱼岛的图谋态度比较消极，因为他知道那是属于中国的。
甲午战争前，日本内务省认为与中国争夺钓鱼岛的时机尚未成熟。1885年12月5日，山县有朋内务卿根据外务卿和冲绳县令报告作出如下结论：“秘第128号内，秘密呈报关于无人之岛建设国标之事。冲绳县与清国福州之间散在无人之岛屿调查，已如另纸呈报。然冲绳县令申请建立国标事，涉及与清国间岛屿归属之交涉，宜趁双方合适之时机。以目下之形势，似非合宜。与外务卿商议致冲绳县令。
这里值得注意的是，井上馨外务卿关于中国报纸刊载日本“拟占据台湾附近清国所属岛屿”之传闻一语证实了以下重要事实：第一，至少在甲午战争前九年，日本政府已知钓鱼岛是“清国所属岛屿”；第二，甲午战争前，中方报纸关于日本拟占据钓鱼岛之“传闻”对日本不利，日方只好暂缓公开建标；第三，日本蓄谋已久地秘密调查钓鱼岛，目的在于日后伺机占据。
直到1893年，即中日甲午战争的前一年，冲绳县令要求将钓鱼岛划归冲绳县时，日本政府仍以“该岛究竟是否为帝国所属尚不明确”为由而加以拒绝。当时日本正暗中针对中国加紧备战，担心染指钓鱼岛会打草惊蛇。事实上，1887年日本参谋本部便制定了《清国征讨策案》等作战计划，决定在1892年前完成对华作战准备，进攻方向是朝鲜半岛、辽东半岛、山东半岛、澎湖列岛、台湾岛、舟山群岛等。七年后，日本正是按照这样的时间表和路线图，完成了针对中国的备战计划并发动了甲午战争。
