因此，蒋一面将孙升任陆军总司令，使其有责无权；一面将他的一些重要部下陆续送进监狱，而且都以同样的名义——“共谍”。这也是蒋介石多年来解决异己的基本方法。

　　而孙立人为人处世的原则一直是本着“诚”与“拙”。这一点，在《孙立人言论选集》中尤其可以看出。孙立人一直强调做人要脚踏实地、要诚恳，不要有小聪明。他可能做到了“诚”与“拙”，但“诚”、“拙”是否管用呢？蒋介石对他“信”吗？从上述两批人的被捕可见一斑。

　　力主“诚”、“拙”的孙立人，眼见自己千方百计从大陆带到台湾来的亲密战友、得力助手连遭秘密逮捕，音讯全无，自己却无法代为申冤，并没有激烈地反抗，仍旧认真做自己分内的事。同时，继续与包括蒋经国在内的国民党高级官员与将领，就相关议题公开争吵。在旁人看，孙立人能做事但是不贴心；从蒋家看来，敢当面争吵似表示有反意；孙立人自己也向美国人吐苦水，甚至流露出表示要采取激烈行动。孙的这种态度，进一步促使台湾当局“解决”孙立人。经过重组的情治与政工系统，以“共谍”罪名来对付孙立人的部下，几乎无往不利。

　　当时，只要“孙系”军人一有风吹草动，情治人员一定马上报告上级。在这种情形下，第三次整肃孙立人部下的行动，于1955年展开。

　  稀里糊涂成了“叛乱”主谋

　　在1955年受到整肃的人当中，有一个关键人物，那就是曾受到孙立人高度赏识与重用的少校郭廷亮。1944年，国民党新一军在一次反攻缅北的战役中，郭廷亮身受重伤，孙立人知道之后，立即派遣飞机，将郭载回后方医院急救。郭廷亮一直认为：他的命是孙立人救回来的。在孙立人的部队里，他一直表现很好。郭廷亮到台之后，由于身体壮硕，动作利落，为人豪迈，担任第四军官训练班示范营的营长，并且获准住在训练班正对面的诚正新村。当时的他，一心希望能够支持与拥护孙立人，做一番轰轰烈烈的大事。

　　孙立人心直口快，想到什么，就直说什么，因此得罪了一些国民党重要人物，其中有汤恩伯、黄杰、蒋经国、彭孟缉。1949年以后，蒋经国与彭孟缉都是扶摇直上的人物。特别是蒋经国，更是如此。孙担任陆军总司令期间，常常为了争取陆军的利益，与曾经希望与其结为拜把兄弟的空军总司令周至柔当众“争吵”。蒋经国来拜年，他也不见。由于孙立人这些冲犯的行为，再加上他的旧部对孙1954年未能担任参谋总长表示不满，在私下相互联系，违反了不能自行集会结社的命令，1955年5月25日开始，包括郭廷亮在内的孙立人旧属受到第三波的整肃，并在8月牵动到孙本人。

　　5月25日，郭廷亮被捕，受到刑讯逼供。后来在他的案卷中发现，5月27日至6月1日仅五天之中就有九封自白书及询问笔录。郭廷亮在要求平反的《陈情书》中提到，他连续十天受到刑讯，无法睡眠或休息。又根据1955年监察院五人调查小组的调查日记中提到，郭廷亮在自白书上签字时，竟然连“郭”字都不会写！他们由此判断：在签字时已经意识模糊的郭廷亮，很显然遭到了严厉的刑讯。另外还发现，郭在5月25日到6月底这段时间的口供，和7月14日以后的有很大不同。也就是说，7月14日之前，郭拒不承认是“共谍”。7月14日，保密局特勤室主任毛惕园献策，改用劝服软攻，搬出保密局局长毛人凤，先对郭予以肯定，再进一步说服，又经过大约21天，郭廷亮才终于承认为“共谍”。

　　郭廷亮承认“共谍”并写下自白书后，黄伯度携案卷至孙立人的官邸，交与孙阅读。孙立人知道其中有诈，态度仍旧强硬。后来黄伯度通过原副总司令贾幼慧及孙的侄子孙克刚等转达高层（其实是蒋经国等人）坚决要整顿孙立人旧属的立场。言明若孙再不主动辞职，必将株连更广。孙立人眼见已无转圜可能，乃于8月3日写信给蒋介石，表示引咎辞职。蒋介石于8月20日批准，并将孙交由国防部随时查考，以观后效。发布当天，随即又命令陈诚等人成立九人调查委员会，查明真相。