国务院收到林业局的报告后，立即责令有关部门进行研究，经过研究，1966年1月12日，国务院下发文件批复，同意保留森林警察建制，不同意设立森林警察总部，仍由各省区分管森林警察部队。并明确指出黑龙江省森林警察属于林业企业的归东北林业总局领导，属于地方的归省林业厅领导，有关军事训练、服装和武器供应问题，请公安部协助解决。

　　就在林业部准备按照国务院指示整顿森林部队时，文化大革命在全国范围内展开。国务院、中央军委发出《关于森林警察部队进行“文化大革命”问题的通知》电报，明确规定森林警察部队，由中国人民解放军接管，受当地军分区领导。接到电报后，黑龙江省军区党委批复成立中共黑龙江省森林警察支队委员会，并立即组成黑龙江省军区接管小组进驻省森警支队。随着文化大革命的进程，黑龙江省革委和省军区联合行文上报国家林业部，要求将森警部队改编划归中国人民解放军建制。林业部考虑一旦被解放军合编，再想组建这支部队就难了，于是国家林业部上报国务院要求将森林部队移交地方领导管理，以便更好地使用。国务院为了加强对这支部队的集中统一领导，决定恢复省森林警察支队部的建制，由省林业总局党委负责组建，解放军对森警部队的军事接管撤销。有了国务院的文件，林业部便同解放军协商，将森林警察部队移交地方领导。由此森林警察部队得以保留，并移交给了省林业总局。

　　1999年2月5日，国务院、中央军委下发文件，调整武警黄金、森林、水电、交通部队体制，这四支部队从1999年2月10日起实行武警总部和国家林业主管部门双重领导管理体制。由武警总部对其军事、政治、后勤工作实施统一领导，国家林业主管部门负责业务工作。武警森林部队的森林防火业务工作实行中央与地方双重领导。部队执行跨省(自治区)森林防火、灭火任务时，由国家林业局统一指挥；部队执行所在省(自治区)森林防火、灭火任务时，由当地人民政府统一指挥，国家林业局长兼任武警森林指挥部第一政治委员。