1947年至1948年间，解放战争已由战略防御转入战略反攻。此时，吴石因不满蒋介石的独裁统治，开始倾向革命。他知道吴仲禧正在进行一些秘密工作，也就主动提供条件，给了他很大的支持和帮助。不久后，吴仲禧介绍吴石参加“民联”，直接受中共地下党员何遂（解放后任华东军政委员会司法部长）领导，单线联系，以其中将的特殊身份为掩护，为解放战争的胜利做出了巨大的贡献。

    1948年6月淮海战役前夕，吴仲禧改任国防部中将部员，被派往“徐州剿匪总指挥部”。吴石亲笔写信给他的学生、“剿总”参谋长李树正，请李多加关照，给予方便。吴仲禧到任时，出来接待的李树正见信格外客气，亲自带他到总部的机要室看作战地图。吴仲禧暗中把部队驻地、番号、兵种及主要部署记录下来，托病回后方就医，赶到上海把情报向潘汉年汇报。

    1948年秋，人民解放军挥师逼近南京，蒋家王朝摇摇欲坠。当时，国民党国防部史政局尚保存有500箱重要军事机要档案，白崇禧、陈诚主张直运台湾，而局长吴石却建议暂移福州，理由是：福州有“进则返京容易，退则转台便捷”之利。

    原来，吴石已得悉自己将出任福州绥靖公署副主任，打算一旦时机成熟就发动起义，将这批绝密资料悉数献给新中国。于是，吴石派随从参谋王强等人押送，于1948年12月下旬将机要档案运抵福州，保存在于山戚公祠大殿内。

    1949年5月吴石正式到任后，国民党高层又电促速将存榕档案运台，吴石则以“军运紧，调船难”为借口，仅以百余箱参考资料、军事图书充数先行运台以拖延时间，又以十万火急的口气下达“死命令”，将绝密档案全部转移到位于仓前山的福建省研究院书库匿藏。