在柳州，吴石重逢了睽违20余年的同乡好友、时任第四战区长中将军法执行监吴仲禧，后者已于1937年卢沟桥事变前夕秘密加入中共。他们一见如故，推心置腹。解放后任广东省政协副主席的吴仲禧曾忆道：“他对共产党人是有好感的，在武汉时听过周恩来演讲，同叶剑英有过交往，还曾建议白崇禧将毛泽东的《论持久战》印发给各战区部队长官阅读。”

    另据后来任广州市政协主席的原第四战区参谋处情报科上校科长陈一林回忆：吴石当年还救过越南共产党主席胡志明。1942年底，广西镇边县政府急电四战区，说抓到一个像日本间谍的越南人，吴石下令先送到柳州长官部来。在知道对方的真实身份后，吴石以礼相待，并让他在柳州组建越南民族同盟会，举办军政干部培训班。

    1943年至1944年，吴石亲自部署了桂柳大会战，保卫了独山至百色一带战略要地。同时，还指挥了保卫中越边境保卫战，以固守反击战术与敌军殊死搏斗，确保了广西龙州至靖西岳圩中越边境广大地区不被敌人染指。

    抗战期间，吴石还联系闽侨参与抗日救亡，他以福建旅桂同乡会作为桥梁，吸引南洋华侨青年来桂参军。陈嘉庚先生率团回国慰问路经桂林时，与他相谈甚欢，吴石一再要求陈先生多为抗日出钱出力

    1944年，日军大举进攻湘桂，国民党军队节节败退，吴石所部虽一再电请当局增调重兵，但蒋介石为了北扼共党，南灭异已，不发一兵一卒，导致桂柳大溃退。当时天气极冷，上有敌机轰炸，后有日寇扑来，大批难民病死冻死饿死炸死在逃难途中。吴石逐渐看透了国民党的腐败本质。

    抗战末期，吴石调任重庆军政部部长办公室任中将主任。这时候，上海地下党组织负责人潘汉年等人，指示吴仲禧设法通过吴石的关系在国防部内找一个实职，以便更好地开展情报工作。是年9月，经吴石帮忙，吴仲禧被国民党国防部委任为监察局中将首席监察官。