胡佛关于肯尼迪的绝密抄本保存了十几个春秋，在肯尼迪就任总统后，胡佛更是变本加厉，搜集肯尼迪的桃色情报。这些情报包括“肯尼迪兄弟与玛丽莲·梦露”、“肯尼迪与模特儿张苏姬”等等。

    任何一个总统都知道或被暗示过胡佛手中有他们见不得光的材料。所以，无论是哪位总统，即使恨胡佛入骨，都不敢动他分毫。胡佛死后，有人在他的绝密档案中发现，他“拥有883名参议员、722名众议员的黑材料。更重要的是他对白宫要员也同样花费心思搜集黑材料”。当然，有时候也是一些总统给了胡佛这样的机会。据尼克松回忆，埃德加·胡佛曾对他说过“自罗斯福以来的每一位总统”都被窃听过。参议院情报委员会在1975年发现，杜鲁门、艾森豪威尔、肯尼迪、约翰逊、尼克松等总统为了党派斗争的政治目的，都曾利用胡佛的联邦调查局进行过窃听和监视等活动。他们是在利用联邦调查局为自己争权夺利服务，而胡佛则在为他们办事的同时抓住了他们的把柄。

    胡佛做到这些很不容易。他是个没有私生活的人，《傀儡王：J·埃德加·胡佛的秘密一生》的作者就这样说道：“对于像他这样一个有权势的人来说，要保持自己的形象，只有牺牲自己的生活。放弃自己的生活就是他的生活，除此之外他没有其他的生活可言。”因为他一方面要操控着FBI的形象，更要控制着自己的形象和地位，所以他必须要把所有精力都投入到搜集情报中去。关于维护形象的问题，还有一件事值得提到。胡佛曾严肃要求好莱坞听从自己的命令，摄影棚里拍摄犯罪片时都必须遵循胡佛的意志。“每个细节都在他的监视之下。他对每部电影、每个场景、每个脚本，每名演员都进行审阅。每件事情都要经过他的批准。”在电影《国民公敌》拍摄时，他给演员詹姆斯·卡格尼的唯一建议就是“在结尾你必须要死掉，因为我不想看到任何骗子活在这个世界上”。

    胡佛所搜集的情报相当繁多，有一些秘密文件中甚至包括一些人物的裸照。《傀儡王：J·埃德加·胡佛的秘密一生》这样说：“他有很多人的裸照。这是他为自己搜集的下流文件。他对色情文学绝对有很大兴趣。当然，他可以堂而皇之地辩解说，自己需要知道事情的真相以便采取对策。”该书的作者在一次被采访过程中关于胡佛所搜集的裸照这样说道：“玛丽莲·梦露，这并不让人惊奇。不过还有其他人，其中包括罗斯福总统的夫人埃莉诺。”采访他的记者很惊讶，而该书作者告诉他“当时好莱坞影星W.C.菲尔兹手头上碰巧有这么些照片，有人说是罗斯福夫人埃莉诺的。胡佛听说了这件事后就向菲尔兹表示想看看这些照片，菲尔兹就给了他，这应该也是胡佛权力和手段的体现。”

    通过这些手段所得来的这些文件被胡佛分门别类，主要包括“淫秽档案”“性越轨档案”“官方机密档案”“个人机密档案”“6月邮件”等几个大类，还有一些无法分类的档案，大都收存了中央档案系统以外的调查局非法获得的汇报材料等。

    胡佛的离世让很多人额手相庆，可这些人并没有在公众场合发表对胡佛不利的言语。只有被胡佛调查过，并且死因可疑的马丁·路德·金的遗孀站了出来，对胡佛做了一个比较中肯的评价。她说：“一个可悲和危险的环境终于离我们而去了。在胡佛的统治之下，FBI所搜集的文件里充斥着谎言，据说还有一些政府高官，包括美国总统在内的丑闻。这种爆炸性的秘密必须以适当的方法被掩盖，而黑人和黑人自由运动就成了这种不名誉活动的靶子。”

    这位妇女所指的秘密文件据称包含着许多肮脏的丑闻。然而，正是这些丑闻才让胡佛有了权力来源。胡佛处理这些秘密文件的方式也相当特别。他从来不会向人透露这些丑闻的细节，而只让那些可能受丑闻连累的关键人物知道自己手中掌握着他们的秘密。“胡佛知道怎样保守秘密，这是他成功的真正原因。他不仅知道这些秘密，而且没有人知道他究竟知道哪些秘密。没有一位总统敢解雇胡佛，因为没有一位总统知道胡佛究竟知道些什么。这对总统来说是最大的恐吓。”无疑，胡佛所掌握的这些秘密文件对一些人来说是一种无声的恐吓：只要这些消息没有被公众知道就绝对有效。在近半个世纪的时间里，胡佛确保这些秘密没有一个字被走漏。无一例外。事实上，这些文件被保存得相当机密，即使是FBI特工都不敢肯定它们是否真的存在。但是，胡佛和他希望某人知道的某人知道，就足够了。