叶挺经深圳来到了陪都重庆，周恩来找到他，与他彻夜促膝长谈，动之以情，晓之以大义，终于将叶挺说服。1939年2月23日，在周恩来的亲自陪同下，叶挺回到了皖南新四军军部。但周恩来走后，项英在与叶挺共事中，仍出现了严重的分歧。

    在部队建设方面，叶挺一贯提倡加强我军正规化建设，以提高战斗力。但项英却不以为然，他担心叶挺会把我军应该保持的“优良传统”一起反掉了。在战略方针上，叶挺非常赞成党中央决定新四军“向北发展，向南巩固”的战略方针。当时，南边是国民党第三战区30万部队的驻地，新四军向南活动，反而会增加同国民党军队的摩擦。向东发展则可直接威胁日伪统治重心。东进之后，再向北发展，将使我苏北、苏南、皖东各部队汇合起来，壮大华中抗日力量。项英却对中央的这一方针犹豫不定，对于叶挺组织部队挺进皖东的各种努力，他表现得忧心忡忡。同时，国民党的防共、溶共、限共、反共的政策，已使叶挺在国共两党之间调解的作用越来越小，他深感有愧初衷，无能为力。

    1939年9月上旬，叶挺离开新四军军部来到重庆。11月间，蒋介石召见了叶挺，他埋怨叶挺:“你是本党任命的军长，但是你却没有很好地起到领导作用。光知道为人家要钱要枪要编制，你令我很失望。”沉默了片刻，又说:“如果你愿意参加国民党，一切问题都好解决。”叶挺当即回绝:“我现在什么党也不参加，只想参加抗日救国”。

    蒋介石看到叶挺已不可能完成他的企图，于是爽快地表示:“你离开也好，有比新四军更有意义的工作去给你做”。叶挺担心蒋介石真的会派给他一个差事，连忙告假要回乡为因公殉职的弟弟叶辅平办理丧事。获准后，他回到澳门家中。但是，他人在家中，心却系着面临困境的新四军，家中的事情料理完后，他就坐不住了，恰好此时，沈其震前来劝他回去，叶挺不愿重回军部，一人又回到了重庆，他表示愿意为新四军的事奔走交涉。

    1940年6月初的一天，周恩来和叶剑英找到了叶挺的住处。周恩来的循循善诱和党中央的理解关怀，再一次打动了叶挺，为了抗日大局，他表示愿意重回军部。周恩来立即以叶挺的名义给蒋介石写了一封信:表示不想辞职，愿回军部继续工作。就这样，在离开军部十个月之后，叶挺冒着酷暑，再次回到了皖南新四军军部。

    1940年，日军向太平洋美军发动进攻，国内抗日压力减轻，蒋介石迫不及待地发起了第二次反共高潮。10月19日(皓日)，蒋介石签发了“皓电”，诬蔑八路军、新四军“不遵命令”，“非法越轨”，限令黄河以南的八路军、新四军在一个月内全部开往黄河以北，企图将八路军、新四军限于黄河以北的狭小地带，借日寇之手将其消灭。