上海沦陷后，奉召至武汉，任中央信托局常务理事，驻香港办理外交事务。

　　1939年应宋子文、孙祥熙电召赴重庆，任财政部政务次长。

　　1941年6月任财政部政务次长。8月任外汇管理委员会委员及中央信托局局长。

　　1944年初（国民政府）全国水利委员会当然委员。

　　1944年11月任国民政府财政部部长，同年兼中央银行经济研究处处长。

　　1945 年５月行政院改组，任中央银行总裁，并被选为中国国民党第六届中央执行委员会委员、中央银行理事会常务理事。7月任中央银行总裁。因谙熟财政金融事务，受到蒋介石的赏识。

　　1946年2月辞中央银行总裁职，3月为国际货币基金及 国际复兴建设银行理事，6月兼最高经济委员会委员。

　　1948年国民党政府政治、经济、军事面临崩溃，蒋介石改组政府，又任俞鸿钧为中央银行总裁，授意他进行币制改革以挽救危机。

　　1948年8月19日出台了实行金圆券的一系列办法，为了逼勒黄金、美钞，蒋介石又任俞鸿钧为上海经济督导员，负责上海地区的经济管制工作，在短时间内收兑了大量金银外币。

　　1949年1月，蒋介石退居幕后，俞鸿钧也辞去中央银行总裁一职，任中央银行理事会理事、常务理事。

　　1949年４月，上海解放前夕，奉命主持将中央银行金库库存黄金92万两及8000万元美钞抢运往台湾。

　　1949年夏到台湾后，俞历任“国民政府财政部”部长、“中央银行”总裁、“总统”府国策顾问、“台湾省府”主席、“行政院”院长，并先后被选为中国国民党第七、 八届中央执行委员会委员、“交通银行”（1949）及“农民银行”（1953）董事长等职。

　　1953年出任台湾省政府主席，兼任台湾后备司令部司令。

　　1954年至1958年升任台湾当局“行政院”院长，因拒绝“监察院”约询案遭到弹劾。

　　1958年7月辞职后，专任台湾当局“中央银行总裁”。

　　1960年6月1日病逝于台湾台北，终年62岁。对于俞鸿钧之贡献，台湾当局曾颁发“褒扬令”明令褒扬。