三、原子弹爆炸成功，核潜艇工程重新上马，中央军委发布“特别公函”，毛泽东连续四次作出批示，周恩来列出专家保护名单，核潜艇工程排除各种困难和干扰顺利前行
1964年10月，中国成功爆炸了第一颗原子弹，大大地提高了中国的国际地位，振奋了全国科技工作者的信心。与此同时，全国人民在党中央领导下，贯彻调整方针，依靠自己的力量，终于战胜了3年自然灾害，使国内经济形势有了明显好转。我国还成功地发射了自行研制的第一枚中近程火箭，仿制改进的鱼雷快艇、导弹快艇、猎潜艇和中型常规动力潜艇也相继取得成功。这标志着全面进行核潜艇研制的条件已经基本成熟。
1965年3月13日，第二、第六机械工业部党组联合向中央专委写了关于核动力研究机构划归二机部领导和七院成立核潜艇总体研究机构的报告。周恩来总理于3月20日召开了中央专委第十一次会议，研究二、六机部的报告，批准核潜艇工程重新上马，并要求二机部负责在1970年建成陆上模拟堆，下半年提出具体规划报中央专委。周恩来在会议上说，“核潜艇是高、精、尖技术，一旦上马，各项工作必须紧紧跟上，计划要周密、措施要落实。要多动脑筋。充分发挥创造精神。没有创造性的工作，任务是无法完成的。”
核潜艇工程终于重新上马，两年前保留下来的种子终于又有了破土而出的机会了！曾经参与核潜艇工程的科技人员奔走相告，庆祝这来之不易的决定。是啊，有谁能够比此时的他们更高兴呢？工程下马的两年间，他们尽管对核潜艇事业依然充满热爱，但是受客观条件的限制，他们一无经费，二无仪器，三无时间，根本无法从事心仪已久的核潜艇事业。
我国的核潜艇工程重新上马之时，世界主要军事大国的弹道导弹核潜艇已经研制出来并装备海军部队，此时我们的核潜艇工程该从哪里着手？
二、六机部根据中央专委第十一次会议决定精神，经过反复论证认为，导弹核潜艇必须装备的潜地导弹及其武器系统的研制十分复杂，核潜艇本身以及与导弹配套的关键设备技术问题多，难度大，需要更多的时间才能解决，因此他们建议核潜艇研制分两步走:第一步先研制反潜鱼雷核潜艇，第二步再研制导弹核潜艇。于是他们又分别于7月10日和7月15日向中央专委报告了关于研制核潜艇和核动力的具体建议。周总理于8月15日召开第十三次中央专委会，逐项研究了二、六机部的报告，基本上同意了报告提出的各项建议，并将形成的决定分别向有关部门发了7个通知。通知明确了关于研制核潜艇的三项原则:一是认真执行大力协同的方针；二是立足于国内，从现实出发，分两步走，先研制反潜鱼雷核潜艇，于1972年下水试航，再搞导弹核潜艇；三是第一艘核潜艇既是试验艇，又要在主要战术技术性能上力求配套，可以作为战斗艇交付使用。通知还对核潜艇研制的步骤、基本建设、经费和协作项目安排等都作了明确的规定，对二、六机部提出的其他各项具体建议都规定了解决和落实的办法。从此，中国核潜艇工程经过几年停滞之后在全国范围内又重新展开了。
中央确定了核潜艇的研制原则之后，接下来就是要解决核潜艇总体设计中的基本问题。为此，核潜艇工程重新上马后，首先成立了负责核潜艇总体研究设计的七一九所。
毕业于苏联海军捷尔任斯基高级工程学院的夏桐担任七一九所所长。夏桐经历坎坷，他曾经给林彪当过秘书，但是在林彪大红大紫时，他没有趋炎附势，没有谋一官半职。“文化大革命”一开始，他就因为在苏联留学和与苏联专家一起工作过的经历而被打成“苏修特务”，关进“牛棚”。林彪折戟温都尔汗后，夏桐心中十分坦然，因为他与林彪没有什么牵连，问心无愧。夏桐埋头于核潜艇工程的动力之源在于他对核潜艇事业的热爱。
七一九所刚组建时只有50万元的经费，这离专家们初步估算的700万元开办费不知道差了多少倍。可是，七一九所人凭着对核潜艇事业的执著，边组建，边工作，围绕着结构强度、流体动力、鱼雷发射、导弹潜射、水声设备、潜艇空气再生与净化、惯性导航等项目开展了鱼雷核潜艇方案论证。
根据七一九所的广泛论证和深入研究，确定我国第一艘核潜艇为声自导的反潜核潜艇。这艘核潜艇彩水滴线型，单轴推进，可在水下坚持几十昼夜，下潜深度和水下航速达到或接近国外同年代核潜艇水平。
核潜艇制造厂也在紧张建设中。六机部部长方强签发命令，由侯君柱担任厂长。侯君柱此前是制造仿苏潜艇的造船厂的副厂长，接到任命之时，对于核动力装置，他完全没有概念。但是侯君柱硬是凭着一股钻劲，成了核潜艇建造过程中运筹帷幄的行家里手。
核潜艇研制工程虽然重新上马了，然而，集中了当今最先进科学技术的核潜艇在研制过程中，遇到了一个又一个困难、挫折。毛泽东、党中央、中央军委和中央专委对核潜艇的研制非常关心，千方百计地帮助解决研制中的困难。
当中央专委批准核潜艇工程第二次上马后，各有关部门提出的新建扩建核潜艇总装、核燃料元件、锆铅材料、鱼雷、导弹等生产厂，鱼雷、导弹、核动力躺置、导航、水声、通信等试验场、试验室，以及核潜艇基地等，基建施工力量不足，有关军区便派部队帮助施工。为满足核潜艇研制所需经费和物资器材的需要，中央专委批准把核潜艇研制作为重点工程进行优先保证。七院要求抽几名技术骨干和要一批大专学生充实科研力量，也很快得到周恩来批准，由高教部在三年内解决1500名大专毕业生问题。
在毛泽东、党中央、中央军委和中央专委的亲切关怀下，在各有关部门和解放军的大力支持下，核潜艇工程顺利进行。
1966年11月，科研部门完成了反潜鱼雷核潜艇总体方案设计，有关领导机关在审查方案设计时，提出了一些不同的意见。一种意见认为，第一艘核潜艇就是常规潜艇加核动力，可以把现有的仿苏潜艇一分为二，中间加上核动力就可以了，主要是担心研制新设备多了，不能如期完成首艇研制任务；另一种意见认为，主张我国研制的第一艘核潜艇应该是一个全新的创造，应该是集最先进装备于一身的平台，应该把正在研制和准备研制的较先进的设备用于首艇，以赶超世界先进水平。
12月7日，聂荣臻为此专门召###议听取汇报，并就上述问题当场与有关方面负责人研究作出决定。关于对核潜艇艇型的不同意见，聂荣臻肯定地说:“总体不要用常规潜艇的艇型，要重新设计，不然搞得两不像，又不像常规艇，又不像核潜艇。”关于是是先研制反潜鱼雷核潜艇，还是先研制导弹核潜艇的不同主张，聂荣臻明确指出:“就按专委批的先搞反潜鱼雷核潜艇，但七机部的导弹也要抓紧研究。”他很赞成边研究设计、边基建、边试制生产的方针，说:“科研、设计、生产就应该结合起来搞。你们在掌握进度时要注意，要在保证安全、保证性能的前提下求进度。”关于抓总问题，聂总根据大家的意见强调说:“抓总，就由科委、工办共同抓，潜艇由六机部抓总，核动力由二机部抓总，海军要协助各工业部、各研究院抓。”三天后，核潜艇研制方案设计审查会议在北京饭店召开。大家根据聂荣臻的指示精神，对设计方案和研制工作中的具体问题，进行了深入的讨论，并将会议讨论的意见上报了中央军委和中央专委。六天后，中央专委便作了批复，同意方案设计，“有关科研协作任务及设备制造等问题，由国防科委会同国防工办协助六机部、二机部进一步落实。”
就在核潜艇研制工程按计划顺利进行的时候，一场突如其来的“文化大革命”开始了。一时间，一大批科学研究人员和工程技术人员被打成“反革命”、“资产阶级分子”，要求他们靠边站，把他们从科研和生产第一线赶走。陆上模式堆的建设受到“文化大革命”的严重破坏，开工两年多，仅完成总投资的15.1%，10个主要实验室一个也没有建成。科技工作者的热情被无情地泼了一盆冷水，核潜艇的研制工作陷入了暂时的混乱无序的状态。
科研难以为继！生产难以为继！科研第一线的管理人员心痛了，二机部、七机部的领导，海军的领导心痛了，聂帅也心痛了。他决心扭转这种即将毁掉核潜艇工程的恶劣趋势，尽管这样做他要冒很大风险，因为早已有人准备好了一顶“以生产压革命”的帽子，随时准备扣到他的头上。
聂荣臻早已把个人的荣辱得失置之度外。当有科研人员向他报告，有些造反派对核潜艇工程横加干预、无理阻挠时，他怒不可遏:“不要理他们！抓国防建设，何罪之有？就是戴手铐，核潜艇工程我也抓定了。”
面对日益恶化的形势，聂荣臻毅然决定召开核潜艇工程协调会议。他指示核潜艇办公室的同志，立即把全国各地各有关工厂的厂长、党委书记和工程主要项目技术负责人召到北京开会，接到通知的都要来，正在被批斗的也不例外。
1967年6月25日，决定核潜艇工程建设进度的一次重要会议在北京民族饭店召开。会议由六机部副部长刘华清主持，聂荣臻元帅作了重要讲话。他语重心长地说:“核潜艇工程是毛泽东批准、周总理直接抓的国防重点工程，大家能够参加这样一项意义重大的工程是中央对大家的信任，是大家的光荣。现在，核潜艇工程出现了一些暂时的困难，大家要从大局出发，努力完成好自己的研究工作，为整个核潜艇工程的最终完成作出贡献。毛主席和党中央十分关注这项工程，任何人都没有资格，也没有理由让它夭折！”
会议开得很成功，协调会变成了誓师会。
会议之后，许多单位的研制工作开展起来了。但是，仍有不少两派闹得厉害的单位，任务迟迟落实不下去，甚至连这次会议的精神也无法传达下去。更为严重的是，“四人帮”的党羽散布别有用心的谣言，说核潜艇工程的指示中有邓小平。邓小平当时是被当作第二号走资本主义道路的当权主派被打倒的，邓小平要搞的“核潜艇是个黑工程”、“核潜艇工程是以生产压革命”。
在这种情况下，如何把会议的精神贯彻下去？如果把聂荣臻的讲话印发下去，显然难以收到预期的效果，而且有些话也不能对群众公开讲，有些话可能对聂荣臻本人不利。就在核潜艇工程办公室的同志左右为难之际，办公室主任陈右铭决定借鉴原子弹工程使用的“特别公函”形式，由中央军委发出，为核潜艇工程扫清障碍，增强信心。
“特别公函”的形式，只是在研制原子弹时使用过。那份“特别公函”，曾经极大地调动了广大参与原子弹工程人员的积极性，动员了全国各方面的力量保障原子弹研制的顺利进行，终于使原子弹如期成功爆炸。
核潜艇工程办公室起草这份“特别公函”时，很费了一番脑筋。公函内容十分策略，最前面的显要位置，赫然印着毛主席的指示:“核潜艇，一万年也要搞出来！”公函的信的内容是:任何人不准以任何理由冲击生产车间；不准以任何借口停工、停产，必须按时，保质保量地完成任务。公函的措辞也十分特别，都是用毛泽东讲过的话或词语串联起来，是那个时代特定的产物，但也确有异乎寻常的作用。
1967年7月1日，中央军委发出“特别公函”。核潜艇工程领导小组派人带着这份公函，到有关省、市和工厂、研究所宣读。面对这份“从天而降”的“尚方宝剑”，广大科技人员欢欣鼓舞，而那些善于以“文化大革命”冲击生产的“造反派”们，也不能不掂量一下这份公函的分量。
在核潜艇研制受阻的关键时刻，毛泽东及时给予特别关照，连续作了几次批示:
1968年2月28日，毛泽东批准海军建设核潜艇基地:1968年4月8日，毛泽东签发中央军委电示，抽调陆军1个师的部队支援核潜艇总装厂的建设:1968年7月17日，毛泽东签署电报，命令某军区派部队支援陆上模拟堆和核动力研究所的建设:1969年12月21日，毛泽东指示某军区派1000人的工兵部队支援陆上模拟堆建设。
中央军委的“特别公函”，毛泽东的连续重要批示，对积极进行核潜艇研制却饱受冲击的科技工作者来说，无疑是巨大的鼓舞和“定心丸”；对那些热衷于搞阴谋诡计的“造反派”则是一个打击，他们再也不敢以抓革命的名义来破坏核潜艇的研制工作了。
在那极端动荡的岁月里，周恩来想方设法为科技专家排忧解难，保护他们。他要求各单位列出必须重点保护的科技专家和技术骨干名单，经他批准后，由各单位保证他们的安全并能够正常地从事科研工作，并要求经常向他报告执行情况。面对造反派疯狂的“打”、“砸”、“抢”，周恩来坚决指出:“毛主席讲的是改革不合理的规章制度，合理的规章制度必须坚持。”
在毛泽东、周恩来、聂荣臻、叶剑英等领导同志的巨大关怀下，“文化大革命”才不至于全面冲击到核潜艇工程，工程得以继续进行。1968年11月23日，我国第一艘核潜艇开工建造。
核潜艇开工后，为组织协调各方面的工作，经国务院、中央军委决定，于1969年10月成立了核潜艇工程领导小组，在中央专委领导下工作。不久，海军政委苏振华担任领导小组组长，成员有:国家计划委员会主任余秋里，国防科学技术委员会副主任钱学森、罗舜初、赵启民，海军副司令员周希汉，一机部副部长周子健，二机部副部长刘伟，六机部副部长边疆，国防工业办公室军事管制小组组长张元培，国防工业办公室副主任李如洪，海军装备部副部长侯向之，舰艇研究院副院长陈右铭等。
国防科委和国防工办多次联合召开核动力装置科研攻关和设备、材料试制协调会，组织落实重大项目的协作任务。中国科学院、有关高等院校、海军、一机部、二机部、六机部、冶金部、化工部、四川、黑龙江、上海、武汉等有关部门和地区，在国务院、中央军委核潜艇工程领导小组或办公室，自上而下形成了在当时历史条件下效率比较高、动转比较庞大而又灵活的管理协调和协作攻关体系。
