1511年，葡萄牙人攻占马六甲，从此闯入了东亚海域。他们占据双屿之初，主要从事在中国沿海的走私贸易。1542年左右，葡萄牙人“发现”了日本，又开辟了对日直接贸易。然而，在台风季节，他们笨拙的帆船在中国海航行的危险迫使他们致力于获得一个处于满剌加与长崎之间的庇护港口。此外，还需要一个安全的基地，以获得充足的中国生丝的供应。而双屿正是这样的一个安全基地。
      

     当时葡萄牙人在双屿的贸易活动主要是从事日本、闽浙和满剌加之间的三角贸易。他们与中日私商合伙，从满剌加等地贩来胡椒、香料等东南亚商品，在双屿与当地商人交换丝绸、棉布，然后运往日本出售，换回白银，再用以购买下一趟航行的船货。在葡萄牙人和中国私商的苦心经营下，双屿港的国际贸易蒸蒸日上，盛极一时。
      

      然而，卧榻之侧岂容他人鼾睡。明朝始终坚守的朝贡贸易体系，已经受到了走私贸易的强烈冲击。如果任由其发展，不仅将导致明王朝丧失东亚海上贸易的主导权，而且势必导致明王朝苦心经营的整个朝贡贸易体制解体，而这更是明王朝统治者所不能容忍的。攻占双屿自然也成了嘉靖皇帝与朱纨平定倭乱的关键战役。

 主动出击

  初战告捷，朱纨又命卢镗统各路兵直捣双屿，葡萄牙人和中日私商则坚壁不出，形成围困局面。1548年4月，双屿商船乘着风雨昏黑突围出港。明军一面占领双屿，一面分兵追击。此役共“俘斩溺死者数百人，贼酋许六、姚大总与大窝主顾良玉、祝良贵、刘奇十四等皆就擒。镗入港，毁贼所建天妃宫及营房、战舰，贼巢自此荡平”（《筹海重编》卷五《浙江倭变纪》）。鉴于双屿孤悬于大洋之中，难以戍守，而明军主力“福兵俱不愿留”，朱纨便下令以木石筑塞通往双屿港的南北各水口，使所有船只无法进入内港，从此葡萄牙人和中外私商苦心经营多年的国际贸易大港遂成废墟。
      

 明军攻占双屿，葡萄牙人和中外私商失去巢穴，余党部分逃往福建之浯屿。而大部分仍留滞浙江沿海，“分泊南麂、礁门、青山、下八诸岛”，或出没于福建北部海域，继续与明军周旋。朱纨指挥明军继续扫荡残敌，经过大小数十战，到同年12月，才将葡萄牙人和中私商海盗船赶出浙江海域。朱纨上奏朝廷：“台温海岛巢穴俱已荡平，凡可栖隐去处遍哨，无警收兵。”他也因此受到了嘉靖皇帝的赞许。
       

双屿战后，葡萄牙人移师福建沿海，与当地的葡萄牙人和中外私商汇合，占据厦门附近的浯屿筑成新巢。而明军在朱纨指挥下乘胜追击，包围了浯屿。
      

1549年初，恃险困守了3个月的葡萄牙人及其同伙不得不放弃浯屿，于正月二十五日“陆续开洋”。部分葡萄牙商人为讨回商欠重返福建沿海，结果在走马溪附近的灵宫澳下湾中了明军的埋伏。此役明军共歼敌239人，生擒葡萄牙人16名，中国海盗首领李光头及属下120人，朱纨在报捷奏折中写下了“全闽海防，千里肃清”八字，宣告福建抗倭斗争已经取得胜利。

     在嘉靖倭患中，王直集团曾一度协助明朝政府剿灭四处劫掠的海盗，希望以此换取明朝准许自由贸易的要求。结果，海禁未开，自己却身陷囹圄，最终身首异处。与此相反，失去双屿、浯屿之后的葡萄牙人得到的是本国政府始终如一的支持。1553年，他们通过欺骗手段取得在澳门的居住权，重新建立起新的贸易网络，并一度垄断整个亚洲地区的海洋贸易。

     震惊朝野的“朱纨案”

     漳州百姓几乎家家都参与走私活动，走马溪一战立即引发了他们的恐慌心理。每天都有数以万计的漳州人前来围观被俘的走私贩。百姓听到官军的捷报，不仅无人奔走庆贺，反而指责官军攻击民船，擅自杀人。朱纨在军事上的胜利并不能根本阻遏漳州百姓泛海通番的旧习，于是，再度利用嘉靖皇帝授予其“从宜处之”的特权，未等审问明细即下令将贼首李光头等96人斩首示众。
      

     然而，朱纨的斩杀俘虏、草菅人命的行为非但没有震慑漳州百姓，反而引起朝野一片哗然。英国汉学家博克舍在《十六世纪中国南部行记》中写道：“百姓们都谴责他们滥杀和酷刑，因为在中国如无皇帝批准而杀人，是一件不寻常的事”。朝中众多官僚，尤其是闽浙籍官员也极为不满。
      

     兵部侍郎詹荣、巡按福建御史陈九德、兵部尚书翁万建等人相继上奏弹劾朱纨，罪名就是“擅杀”。对于众人的指责，朱纨上章辩解：
     

    “臣看得闽中衣食父母尽在此中，一时奸宄切齿，稍迟必贻后悔。漳州反狱入海，宁波教夷作乱，俱有明鉴。兵机所系，间不容发，先人夺人，事当早计，一面差官赍捧钦给旗牌驰赴军前行事，一面具本于本年三月十八日题请。”
      

     事实上，朱纨的辩解根本经不起推敲。从时间上看，走马溪之战发生在正月二十日，而朱纨直至杀了李光头等96人之后，才在三月十八日向朝廷六报闽海捷音，说“生擒佛诬蔑郎机国王三名”等，其中必有不可告人之隐情。
      

     事实果真如此。葡萄牙人克路士记录了一段惊人的秘密：